Dans un article paru dans le courant du mois d'août, le quotidien zurichois "Neue Zürcher Zeitung" a vertement critiqué la façon avec laquelle Flavio Cotti dirige le DFAE depuis sa restructuration en 1994. Intitulé "Des nouvelles de la cour du Grand Khan", l'article a en effet attribué une partie de la responsabilité des dysfonctionnements constatés dans les services de la diplomatie suisse à l'attitude du conseiller fédéral à l'égard de ses collaborateurs. Ces reproches ont aussitôt été réfutés par l'intéressé ainsi que par le PDC dont il est issu. Parallèlement à ces attaques, Flavio Cotti a en outre dû faire face au mécontentement du corps des diplomates suisses provoqué par l'annonce d'une réforme du système d'allocations de base pour les agents de la Confédération à l'étranger: Entrant en vigueur à partir du 1er janvier 1998, le nouveau régime permettra d'économiser quelque 7,2 millions de francs par année [5].