Im Verlaufe des Jahres präsentierten die Organisatorinnen der Expo mehrmals ihr Ausstellungskonzept. Von der Mehrheit der Medien wurde dieses als zwar künstlerisch interessant und vielversprechend, aber vor allem in bezug auf die Inhalte noch wenig konkret beurteilt [24]. Neben diesen Präsentationen machte die Expo im Berichtsjahr auch mit überraschenden personellen Wechseln von sich reden. Im Sommer drangen erstmals Nachrichten über eine Krise im Management und dabei insbesondere in bezug auf das Verhältnis zur künstlerischen Leiterin Pipilotti Rist an die Öffentlichkeit. Im Dezember gab Rist die sofortige Demission von ihrer Funktion bekannt. Sie begründete ihren Schritt mit dem von ihr nicht vorhergesehenen Umfang, den die Managementarbeit angenommen habe. Zudem seien die von ihr eingebrachten kreativen Elemente vor allem in der Konzeptphase wichtig gewesen; für die nun angesagte Realisierung gebe es geeignetere Personen als sie. Bereits im Oktober war der technische Leiter, Poalo Ugolini, von seinem Amt zurückgetreten [25].

Mit der zunehmenden Konkretisierung des Ausstellungskonzeptes wuchsen auch Befürchtungen von einzelnen Institutionen und Gesellschaftsgruppen, dass ihr bevorzugtes Thema an der Expo.01 ungenügend oder gar nicht zur Darstellung kommen werde [26]. So setzte sich Nationalrat Seiler (svp, BE) für eine Berücksichtigung der Volkskultur ein, und die Sicherheitspolitischen Kommissionen beider Parlamentskammern für eine umfassende Darstellung der schweizerischen Sicherheitspolitik, ihres Wandels und ihrer Institutionen. In beiden Fällen sicherte der Bundesrat zu, dass diese Themen zum Zuge kommen werden. In seiner Stellungnahme zuhanden des Ständerates führte der Bundesrat allerdings aus, dass die Ausstellungsleitung nicht im Sinn habe, die Armee selbst an der Expo zu präsentieren, da generell lediglich Themen und nicht Institutionen dargestellt würden. So werde die Armee nicht mit eigenen Manifestationen präsent sein, sondern im Rahmen des Themas „Sicherheit in der Offenheit“, eines der vier Projekte des Bundes. Offenbar damit nicht ganz befriedigt, begann das VBS mit der Ausarbeitung eines Projekts „Darstellung der Armee“ ausserhalb des Ausstellungsgeländes. Diese Sonderschau schien dem VBS umsomehr gerechtfertigt, als vorgesehen ist, der Expo Angehörige der Armee für Dienstleistungen (z.B. für die Verkehrsregelung oder die Besetzung von Sanitätsstellen) zur Verfügung zu stellen [27].

Die Umweltschutzorganisationen verstärkten ihre Bemühungen, die Expo-Leitung dazu zu bringen, auf den Einsatz der sogenannten Iris-Schnellbote, welche für letztere als Symbol der Verbindung zwischen den vier Ausstellungsplätzen gelten, zu verzichten. Sie begründeten ihre Forderung nicht nur mit umweltschutzpolitischen Argumenten, sondern gaben auch zu bedenken, dass die Boote nur einen kleinen Beitrag zum Transport der Besucher zwischen den verschiedenen Ausstellungsorten leisten könnten und diese hochsubventionierten Boote zudem die konventionelle Schiffahrt unfair konkurrenzieren würden. Im Nationalrat verlangte eine Motion Baumann (gp, BE) mit denselben Argumenten, diesen Booten die Konzession zu verweigern. Der Bundesrat erklärte sich bereit, die Einwände zu überprüfen und deshalb den Vorstoss in Postulatsform anzunehmen. Da er aber von Schmid (svp, BE) bekämpft wurde, schob das Parlament seinen Entscheid darüber auf. Die Demarchen blieben zuerst erfolglos. Ende Juli erteilte das Bundesamt für Verkehr mit gewissen Auflagen in bezug auf Umweltschutz und Sicherheit die Konzession für 15 Boote. Nachdem die Umweltschützer diesen Entscheid mit einer Beschwerde angefochten hatten, lenkte die Expo-Leitung ein. Sie beschloss, die grossen Iris-Boote nur noch auf dem Neuenburgersee, hingegen nicht mehr auf dem Bieler- und Murtensee zirkulieren zu lassen [28].