En relation avec le problème de l’afflux des requérants d’asile en Suisse, il a été à plusieurs reprises question de l’emploi de l’armée en vue de renforcer le corps des gardes-frontières et d’encadrer les réfugiés. Au parlement, une motion Freund (udc, AR) a notamment été déposée devant le Conseil national, demandant au gouvernement de soumettre aux chambres, dans les plus brefs délais, un arrêté fédéral urgent qui permette de renforcer le Corps des gardes-frontière en engageant la troupe dans le cadre du service d’instruction normal. Une autre motion du groupe parlementaire démocrate-chrétien du Conseil national proposait de confier à des militaires en service d’appui la gestion des structures d’hébergement destinées à l’accueil d’urgence des requérants d’asile. Le groupe libéral des chambres fédérales a quant à lui déposé deux motions devant le Conseil national afin que la Suisse crée et gère des camps de réfugiés à proximité des zones de crise à l’étranger. Selon ce dernier, l’armée pourrait s’acquitter de cette mission. Le but recherché est d’éviter des déplacements de population et de soulager les centres d’accueil en Suisse [24].

Le Conseil fédéral a pris la décision en mars d’envoyer quelques 80 gardes-forts renforcer les gardes-frontière. Des sous-officiers instructeurs de carrière les ont partiellement relayé dès le mois de juillet, mais la milice n’a pas été concernée par cette tâche. En octobre, c’est la troupe qui a été mobilisée pour s’occuper de requérants d’asile provisoirement logés dans des infrastructures militaires, les centres habituels d’enregistrement étant surchargés. Conformément à la législation militaire, un tel engagement doit être approuvé par le parlement s’il dépasse trois semaines. Le gouvernement a donc proposé aux chambres lors de la session d’hiver d’accepter un arrêté fédéral qui autorise rétroactivement la mobilisation de 2000 hommes jusqu’à la fin 1999. Combattu au Conseil national par la gauche et les Verts, l’arrêté a été approuvé par 101 voix contre 53. Le plafond des appelés simultanés a néanmoins été fixé à 1000 hommes. La chambre haute a par contre refusé de valider l’arrêté pour plus d’une année par 33 voix contre 5, se référant à la proposition initiale du Conseil fédéral qui était de six mois. Cette divergence des sénateurs a été ratifiée par le Conseil national qui a accepté l’arrêté sous cette forme modifiée. A la fin de l’année, cinq centres d’hébergement étaient gérés par l’armée [25].