Le corps des instructeurs a également fait l’objet d’un rapport de la Commission de gestion du Conseil national en 1998. Suite à l’affaire Nyffenegger, plusieurs critiques ont été énoncées quant à la nomination, au statut, ou encore aux privilèges des instructeurs de l’armée suisse. Devant l’ampleur de la tâche, la commission s’est limitée à une analyse structurelle du système global entourant le corps des instructeurs et a renoncé à mettre en évidence des cas particuliers. Elle s’est penché notamment sur le processus de sélection, de promotion et de nomination, sur le problème du statut des instructeurs lorsqu’ils sont détachés auprès de l’administration, sur ceux de la rémunération, des indemnités et des départs en retraite. A l’issue de son travail, la commission a émis plusieurs recommandations à l’intention du Conseil fédéral. Premièrement, celui-ci a principalement été prié de redéfinir l’activité des instructeurs dans les écoles militaires et lors des cours. La commission a suggéré qu’une solution pourrait être d’intégrer le corps des instructeurs au sein de l’administration fédérale et de ne les détacher qu’à terme pour dispenser la formation militaire. Cela éviterait ainsi l’existence d’une entité autonome vis-à-vis de l’administration. Deuxièmement, la commission s’est prononcée pour la suppression de l’automatisme des promotions. Dorénavant, les intérêts de la formation devraient primer sur des velléités carriéristes personnelles. Troisièmement, l’accès à des postes supérieurs dans l’armée et dans l’administration de l’armée ne serait plus réservé quasi exclusivement aux seuls instructeurs mais à tous les candidats susceptibles d’occuper cette fonction. Quatrièmement, le Conseil fédéral devrait élaborer un système de rémunération qui soit transparent avec la suppression des allocations fixes. Cinquièmement, la réglementation concernant les indemnités devrait être soumise à un examen approfondi afin d’abolir certains privilèges injustifiés. Sixièmement, le statut d’instructeur serait abrogé pour des fonctionnaires exerçant une activité administrative et septièmement, le système des départs en retraite anticipée devrait subir un examen approfondi de la part du Conseil fédéral, ceci afin de limiter les dépenses imputées à la Caisse fédérale de pensions [32].