Le ministre des Transports du gouvernement français, Jean-Claude Gayssot, a décidé de renoncer à la réalisation d’un centre franco-suisse de contrôle aérien à Genève sous la pression des milieux syndicaux français. Or cette collaboration avait été promise par la France en échange de la participation de la société française Thomson au nouveau projet de système de surveillance militaire de l’espace aérien Florako. Initialement, seule l’entreprise américaine Hughes s’était adjugé le contrat. Devant ce dédit, la Confédération n’a pas désiré remettre en cause la participation de Thomson, mais s’est réservé le droit d’en tenir compte dans des achats d’armements ultérieurs au moment du choix des fournisseurs [42].

Au début de juillet 1998, les chefs du DETEC et du DDPS ont signé une déclaration concernant l’intégration des services de la navigation aérienne civile et militaire de la Suisse. Il s’agissait face à l’accroissement du trafic dans le ciel helvétique de mieux collaborer pour assurer une sécurité optimale. A terme, cette collaboration a pour but de développer des synergies dans le domaine, par exemple, de l’exploitation et de la maintenance et d’éviter des investissements parallèles. Du côté de l’armée, la mise sur pieds du système Florako est décrite comme une des conditions-cadres pour la gestion uniforme de l’espace aérien global. Or l’adoption de ce système de surveillance Florako a déclenché toute une série de réactions qui ont été relayées dans la presse et au parlement. Il a été reproché à l’armée de faire main basse sur la sécurité de l’espace aérien suisse. Car de son côté, Swisscontrol, l’organe civil de la surveillance de l’espace aérien, se trouvait également dans un processus de modernisation dénommé «Adapt» et avait déjà acquis la première phase de renouvellement de son matériel. L’étape suivante intitulée ATMAS (Air Trafic Management System) constituant un doublon avec Florako, elle a été diminuée de plus de moitié, sous la pression de la Confédération qui possède quelques 90% du capital de Swisscontrol. «ATMAS» devrait être opérationnel en 2003 et coûter environ 80 millions de francs.

Au Conseil national, la CPS qui devait rendre un avis sur ce projet de réunion des deux entités de surveillance civile et militaire a été fortement divisée. La majorité de celle-ci a proposé un postulat qui a été transmis et qui invite le Conseil fédéral à assurer la coordination de l’opération et à présenter un rapport annuel sur l’état de l’avancement du projet. La minorité de la Commission, réunie autour du socialiste soleurois Banga, a présenté une motion qui se voulait plus contraignante en demandant notamment que le Conseil fédéral édicte une base légale en modifiant l’ordonnance sur le service de la navigation aérienne et en s’assurant que des investissements parallèles ne soient pas entrepris. La chambre basse a toutefois refusé cette motion par 91 voix contre 52 [43].