En Suisse, selon une étude de l’OFS, près de trois quarts des exploitations et des emplois agricoles sont liés à l’élevage bovin. Celui-ci représente plus de la moitié de la production. De 1990 à 1996, le nombre d’exploitations de production bovine a toutefois reculé de 8100 unités et celui de leurs emplois de 19 000 [33].

Contrairement aux prévisions, la maladie de la vache folle (ou encéphalite spongiforme bovine, ESB) n’a pas reculé aussi vite que prévu. L’Office vétérinaire fédéral en a recensé encore 38 en 1997, soit seulement 7 de moins que l’année précédente. Plus de la moitié des cas d’ESB étaient des animaux dits BAB (Born After Ban), soit nés après l’interdiction d’affouragement du bétail par des farines animales en 1990. Cette constatation a fait dire à l’OFV que l’on était presque en présence d’une seconde épidémie, alors que la première disparaissait peu à peu, les animaux nés avant l’interdiction se faisant rares. Selon l’OFV, aucune nouvelle infection ne devrait avoir lieu après 1996, soit le moment auquel fut interdite définitivement l’importation des farines animales destinées aux porcs et à la volaille. L’Office a ainsi quasiment écarté la possibilité d’une possible transmission verticale (de la vache au veau) ou horizontale (d’un animal à un autre) de la maladie [34].

Les relations sont restées tendues entre la Suisse et l’Allemagne consécutivement à l’affaire de la maladie de la vache folle. En 1997, la Confédération a fait abattre plusieurs bovins suite à des fausses informations fournies par son voisin allemand qui prétendait avoir décelé du prion caractéristique de l’ESB chez un spécimen de la race du Simmental. Or une contre-expertise menée en Suisse a permis de constater que ce n’était pas le cas. L’OFV avait toutefois déjà ordonné l’abattage du troupeau suisse incriminé. La Suisse a demandé des explications à l’Allemagne. Une accalmie a toutefois eu lieu dans les tensions entre les deux pays avec la permission à nouveau accordée aux bovins suisses de passer l’été dans les prairies d’Allemagne du Sud. L’importation de viande de provenance helvétique y est par contre toujours interdite comme dans sept autres pays de l’UE. A ce sujet, la Suisse a exigé la levée de cet «embargo de fait» lors d’une séance du comité mixte Suisse – Communauté européenne à Bruxelles. La délégation suisse a demandé l’analyse objective des efforts qui ont été consentis par la Confédération. Elle a notamment fait remarquer que la Suisse avait pris les mêmes mesures que l’Irlande du Nord, dont la viande ne fait plus l’objet d’aucune sanction [35].

L’OFV a annoncé qu’à partir du premier janvier 1999, l’importation de viande bovine en provenance du Portugal serait interdite, en raison de la recrudescence dans ce pays des cas observés de maladie de la vache folle [36]. La Suisse a également fait savoir qu’elle ne lèvera pas son embargo sur la viande de bœuf originaire de Grande-Bretagne, malgré l’autorisation d’exporter à nouveau délivrée par l’UE, aussi longtemps que sa propre production sera interdite dans huit pays européens [37].

Un point annexe de la réforme «Politique agricole 2002» consistait en une modification de la loi sur les épizooties. Suite notamment aux évènements liés à l’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB), le Conseil fédéral avait jugé opportun d’introduire un système d’identification et d’enregistrement qui permette d’identifier les animaux et de reconnaître leur exploitation d’origine ainsi que leur parcours. En votation finale, le Conseil national a adopté la modification par 116 voix contre 46 et le Conseil des Etats a fait de même à l’unanimité [38].