Le Conseil national a examiné le projet de réforme des chemins de fer, approuvé en 1997 par la petite Chambre. L'entrée en matière a été décidée sans opposition. Les députés ont estimé que la réforme était nécessaire afin de répondre à la pression de l’Union européenne, qui a déjà entamé la réforme du rail. Plusieurs députés ont néanmoins relevé les difficultés auxquelles seront confrontés les CFF en matière de compétitivité et de rendement.

Concernant le premier volet de la réforme, la libéralisation du réseau ferroviaire (loi sur les chemins de fer), les députés n'ont apporté que quelques modifications de détail par rapport à la version du Conseil des Etats. Une proposition Baumberger (pdc, ZH) demanda que les installations ferroviaires soient dimensionnées de façon à rendre possible une concurrence efficace, en particulier pour l'accès de tiers au réseau. Elle fut nettement rejetée par les députés qui ont estimé qu’elle ouvrait la porte à des investissements supplémentaires inacceptables. Il a été souligné que l'infrastructure devait être adaptée à la concurrence dans le cadre des réalisations de Rail 2000, des NLFA et du raccordement au réseau européen des trains à grande vitesse. Les députés ont accepté une proposition Loeb (prd, BE) qui réclame pour les entreprises de chemins de fer une totale liberté de choix sur l'installation de services accessoires dans les gares et dans les trains. Les dispositions cantonales et communales en matière d'heures d'ouverture et de fermeture ne seront pas applicables à ces services. Les députés ont ainsi contré la version du Conseil des Etats qui demandait que ces services soient désignés par le Conseil fédéral. La majorité de la CTT, soutenue par la gauche et combattue par les rangs bourgeois, souhaita permettre au Conseil fédéral de verser des contributions limitées dans le temps pour financer des technologies nouvelles dans le domaine du trafic marchandises par rail. Elle fut acceptée par la voix prépondérante du président (en raison d'une égalité des voix), créant ainsi une divergence avec le Conseil des Etats. Finalement, le vote sur l'ensemble a été accepté par 122 voix contre 6.

Dans la loi fédérale sur le transport de voyageurs et les entreprises de transport par route, les conseillers nationaux se sont ralliés à la version de leurs pairs sénateurs, sauf sur la question des concessions pour le transport professionnel de personnes. Le National a souhaité s'en tenir à la version du gouvernement, renonçant aux éléments de concurrence introduits par le Conseil des Etats. En outre, les députés ont avalisé la loi fédérale sur le transport public dans la version du Conseil des Etats, sans aucune modification.

Concernant le deuxième volet de la réforme, la restructuration des CFF (loi sur les chemins de fer fédéraux), les dispositions sur la séparation de l'infrastructure et des transports, le renforcement du principe de la commande et le libre accès au réseau ont été adoptés conformément à la version du Conseil des Etats. Une proposition de minorité UDC et PRD souhaitait remplacer le statut de fonctionnaire du personnel des CFF par des conditions d'engagement de droit privé, conformément au code des obligations. Elle fut rejetée par 93 voix contre 54. Les députés ont accepté que les CFF deviennent une société anonyme de droit public et que les employés soient soumis aux même règles que le personnel fédéral. La question du financement du déficit de la caisse de pension et de secours de la régie a été l'objet de débats nourris. La minorité de la CTT a réussi à faire admettre, par 83 voix contre 60, un délai de six ans pour que la Confédération comble le déficit d'environ 5 milliards de francs de la caisse de pension des CFF. Mais les députés, suivant une proposition de minorité UDC et PRD, ont assoupli la prise en charge du découvert par la Confédération, en spécifiant que cette dernière pouvait prendre en charge la totalité ou une partie du découvert de la caisse. Finalement, la loi a été acceptée par 128 voix contre 4.

Concernant le troisième volet, le refinancement de la régie, l'arrêté sur le refinancement des CFF n'a pas été contesté. Les conseillers nationaux ont adhéré à la version du Conseil des Etats sur tous les articles. Les prêts à long terme, d'un montant de 8 milliards de francs, accordés par la Confédération, seront convertis en capital propre des Chemins de fer fédéraux. Sur les prêts restant, 3,6 milliards seront convertis en prêts à intérêt variable, remboursables sous conditions. L'opération englobe la reprise par la Confédération de prêts de 5,6 milliards de francs que les CFF avaient contractés auprès de leur caisse de pension. La régie sera en outre déchargée de son déficit 1997 qui avoisinait les 150 millions de francs [63].

Saisi à nouveau du dossier, le Conseil des Etats s'est penché sur les divergences avec le Conseil national. Dans la loi sur les chemins de fer, le Conseil des Etats a maintenu une divergence. Les sénateurs, par 20 voix contre 15, se sont prononcés contre le subventionnement de technologies nouvelles destinées à augmenter la productivité du trafic marchandises par le rail. Les députés ont refusé d’introduire de nouvelles subventions en raison de la situation précaire des finances fédérales.

Concernant la loi fédérale sur le transport de voyageurs et les entreprises de transport par route, et plus particulièrement sur les concessions pour les transports professionnels de personnes: la Chambre des cantons a souhaité maintenir les éléments qu'elle avait préalablement introduits pour permettre plus de concurrence.

Dans la loi sur les chemins de fer fédéraux, la petite Chambre a décidé que la Confédération aura l'obligation. et non seulement la possibilité, de prendre à sa charge le découvert de la caisse de pension des CFF. En outre, le découvert devra être pris dans sa totalité, dans un délai de six ans après l'entrée en vigueur de la loi. Les sénateurs ont ainsi souhaité donner toutes leurs chances aux CFF, en les allégeant d'un poids financier supplémentaire, afin qu'ils puissent affronter au mieux le marché concurrentiel. De retour au Conseil national, la réforme des chemins de fer a finalement été avalisée. Le National a fini par se rallier aux décisions du Conseil des Etats [64].