Le Conseil fédéral a publié un message relatif à l'initiative populaire fédérale «Pas d'hydravions sur les lacs suisses!» déposée en 1996. L'exécutif recommande de rejeter l'initiative et propose, à titre de contre-projet, de modifier un article de la loi sur l'aviation. Dans son message, le Conseil fédéral rappelle qu'il n'y a en Suisse actuellement que trois hydravions immatriculés et qu'il n'existe dans tout le pays qu'un seul hydro-aérodrome (sur le lac de Zurich), dont l'exploitation n'a jamais donné lieu à aucune réclamation. L'exécutif ajoute que les décollages et atterrissages sur les eaux publiques sont déjà soumis à autorisation et que le droit actuel garantit la prise en compte des aspects écologiques. En outre, comme le canton touché doit donner son autorisation, la possibilité d'interdire les hydravions sur les lacs existe déjà. Pour ces raisons, le Conseil fédéral estime qu'une interdiction générale serait disproportionnée. Il propose, comme contre-projet, de modifier l'article 36 de la loi sur l'aviation, afin d'interdire la construction de tout nouvel hydro-aérodrome. Le seul hydro-aérodrome actuel, de Wangen-Lachen, pourrait néanmoins continuer à être exploité [21].

Le Conseil fédéral a modifié l'ordonnance sur la protection des eaux. L’ordonnance fixe de nouveaux objectifs écologiques à la protection des eaux afin qu'elles conservent à long terme des caractéristiques aussi naturelles que possible. Toutes les activités pouvant exercer une influence sur les cours d'eau, les lacs et les eaux souterraines doivent y être subordonnées. L'ordonnance permet désormais de prendre des mesures de protection contre les pollutions chimiques dans toute l'aire d'alimentation des captages d'eau potable. En outre, pour éviter que l'infiltration des eaux pluviales ne pollue le sol et les eaux souterraines, l'ordonnance contient désormais des exigences concrètes, notamment en ce qui concerne l'infiltration des eaux qui s'écoulent des routes, des parcs de stationnement et des voies ferrées. Finalement, elle formule à nouveau des exigences minimales en matière de qualité des eaux [22].

Le conseiller fédéral Moritz Leuenberger a signé au nom de la Suisse une nouvelle Convention sur la protection du Rhin, lors de la douzième Conférence ministérielle sur le Rhin se déroulant à Rotterdam. Des représentants de l'Allemagne, de la France, des Pays-Bas, du Luxembourg et de l'Union européenne ont signé cet accord international. Il insiste sur la renaturalisation des rives et la lutte contre les inondations, et officialise la participation des organisations non gouvernementales aux travaux de coopération internationale. Cette convention remplace l'accord conclu en 1963 par les pays riverains. La Commission internationale pour la protection du Rhin élaborera un programme de développement durable dans le bassin versant, sur la base de cette nouvelle convention. Le programme devra mettre l'accent sur différents points: la sécurité du niveau de l'approvisionnement en eau potable et celle du traitement des eaux usées, la sécurité des installations industrielles, l'entretien des cours libres et des voies navigables. L'intégration et la coopération des mesures relatives à la qualité de l'eau et à la protection en cas d'inondation seront renforcées. Le programme veillera également à l'amélioration de l'écosystème et à la protection de la nappe phréatique. Un management des zones fluviales et une surveillance modernes du Rhin seront mis en place, et les responsabilités civiles et de l'agriculture écologique devront être consolidées. Finalement, un effort particulier sera développé pour améliorer l'information [23].