Lors de la session d'automne, le Conseil national a examiné le message du gouvernement relatif à la Convention alpine. La majorité de la Ceate a recommandé l'entrée en matière, estimant que la convention reflétait la volonté de la Suisse de tenir compte de façon équilibrée de la protection des ressources et des possibilités de développement économique de la population résidente. Pourtant, une forte minorité, menée par l'UDC, s'est opposée à l'entrée en matière. Une seconde minorité a demandé le renvoi de la convention au Conseil fédéral, avec mandat de présenter un nouveau message dès que les protocoles en cours de négociation «Transports», «Protection du sol» et «Energie» seraient prêts à être soumis à ratification. L'UDC a estimé que le droit national suffisait largement à protéger les Alpes, il a critiqué en particulier le protocole «Tourisme» qu'il considérait comme très restrictif. A l'opposé, le PS et les Verts ont soutenu avec force la convention. Selon eux, refuser la ratification nuirait gravement à l'image de la Suisse et ferait perdre à la convention tout son sens. Le PDC s’est également exprimé pour la convention, mais il souhaitait la ratifier sans les protocoles. Le PRD s'est montré sceptique et divisé quant à la décision sur l'entrée en matière. Au terme d'un débat engagé, les conseillers nationaux ont finalement accepté l'entrée en matière par 121 voix contre 59. Dans l'examen de détail, bien qu'une minorité de la Ceate a recommandé de suivre la version de l'exécutif en approuvant la convention et les cinq protocoles signés par le Conseil fédéral, les députés se sont ralliés à la majorité de la commission en acceptant, par 101 voix contre 74, de ne ratifier que la convention. Les conseillers nationaux ont également suivi la majorité de la Ceate en introduisant un nouvel article de loi qui stipule que le Conseil fédéral doit attendre la fin des négociations concernant les trois protocoles en cours, avant de soumettre les huit protocoles simultanément au parlement. Dans le vote sur l'ensemble, le plénum a donné son aval au projet par 124 voix contre 38 [41].

Au cours de la session d'hiver, le Conseil des Etats s'est également penché sur l'examen du projet d'arrêté relatif à la Convention alpine. Bien que les débats furent animés, l'entrée en matière a été décidée sans opposition. La petite Chambre s’est ralliée au National en acceptant de signer la convention sans les protocoles. Mais la Ceate a refusé que l'exécutif, dans la nouvelle disposition de loi introduite par le National, soit obligé de soumettre les huit protocoles simultanément à l'Assemblée fédérale. La Ceate a estimé que l'adoption des protocoles entrait dans la compétence du parlement qui seul devait décider la manière dont il souhaitait les examiner. De plus, comme le nouvel article mentionnait une liste exhaustive des huit protocoles, la Ceate redoutait qu'il ne soit rapidement plus applicable, si des protocoles supplémentaires étaient introduits. Deux propositions Delalay (pdc, VS) et Rochat (pl, VD), d'une teneur identique, ont demandé d'approuver l'article du National. Moritz Leuenberger a déclaré que l'intention de l'exécutif était bien de soumettre en même temps les divers protocoles. Par conséquent, il a estimé que le nouvel article de loi était inutile. En définitive, les sénateurs ont suivi le Conseil fédéral et la Ceate par 18 voix contre 9, créant ainsi une divergence avec la grande Chambre [42].

Au Conseil national, la majorité de la Ceate a proposé de se rallier à la version de la Chambre des cantons. Elle souhaitait biffer le nouvel article de loi et adopter la mesure sous la forme d'un postulat. Une minorité de la commission souhaitait maintenir la divergence. Moritz Leuenberger a réaffirmé au plénum la volonté de l'exécutif de soumettre au parlement les protocoles en même temps. A l'exception peut-être du protocole «Transports», car un accord sur la question semblait encore très difficile à obtenir. Finalement, les députés ont suivi la majorité de la Ceate par 83 voix contre 51 [43].

Au printemps, le DETEC a ouvert une procédure de consultation relative au protocole «Energie». Ce protocole additionnel à la Convention alpine vise à mettre en oeuvre des formes de production, de distribution et d'utilisation de l'énergie qui respectent la nature et le paysage et à promouvoir des mesures pour économiser l'énergie. Le protocole a été mis au point par un groupe de travail international, et le Comité permanent de la Convention alpine a accepté en début d'année qu'il soit mis en consultations nationales. Comme le droit suisse en matière d'énergie est conforme aux buts et intentions du protocole, sa signature et ratification n'entraîneront pas d'obligations supplémentaires pour la Suisse, ni d'adaptation du droit national [44].

La Suisse a accepté d'assumer la présidence de la Convention alpine, lors de la cinquième Conférence alpine des ministres de l'environnement à Bled (Slovénie), en octobre. Au cours de la rencontre, Moritz Leuenberger a signé six protocoles d'application de la Convention alpine: les protocoles «Aménagement du territoire et développement durable», «Agriculture de montagne», «Protection de la nature et entretien des paysages», «Forêts de montagne», «Tourisme» et «Protection des sols». Par contre, il a renoncé pour l'instant à signer le protocole «Energie», car la consultation nationale n’était pas terminée [45].