Die Rektoren der Universitäten Lausanne und Genf sowie der Präsident der ETH Lausanne legten im Oktober ein Konzept für die weitere Entwicklung der drei Hochschulen am Genfersee vor. Die wichtigste organisatorische Massnahme des Zusammenarbeits- und Arbeitsteilungsprogramms stellte vorerst der Transfer der Physik, der Chemie und der Mathematik von der Universität Lausanne zur ETH dar. Das Konzept sieht vor, dass der Bund der ETH die Mittel für eine Übernahme des ganzen Komplexes mit rund zwei Dutzend Professorenstellen zur Verfügung stellt; der Kostenrahmen liegt bei 50 Mio Fr. Die an der Uni Lausanne freiwerdenden Kapazitäten sollen in Abstimmung mit der Uni Genf für eine Verstärkung der Geisteswissenschaften und der Biologie genutzt werden. So hat die ETH künftig den naturwissenschaftlichen Abteilungen der Lausanner Uni den Unterricht in Chemie, Physik und Mathematik zu garantieren, während sie sich andererseits im Bereich der Geisteswissenschaften auf die beiden Universitäten abstützen kann. Das vom Genfer und Lausanner Regierungsrat sowie vom ETH-Rat unterstützte Projekt wurde sowohl vom Lehrkörper der betroffenen Institute wie auch in politischen Kreisen mehrheitlich positiv aufgenommen; empört zeigten sich hingegen die Studentenorganisationen, die eine partielle Fusion der beiden Universitäten befürchteten. Aufgrund der geplanten Konzentration der Ecole romande de pharmacie in Genf sowie der anvisierten Zusammenlegung des Architekturstudiums in Lausanne wurden Existenzängste in beiden Abteilungen ausgelöst. Die im Rahmen von BENEFRI kooperierenden Universitäten Bern, Neuenburg und Freiburg sahen sich ihrerseits von den Restrukturierungsplänen in Lausanne und Genf nicht bedroht. Dank BENEFRI stünden die einzelnen Institute der neuen Konkurrenz gestärkt gegenüber [46].

Der 1997 beschlossenen Interkantonalen Universitätsvereinbarung traten alle Kantone sowie das Fürstentum Liechtenstein bei, womit der Weg für ein Inkrafttreten des 1998 definitiv verabschiedeten Regelwerks auf den 1. Januar 1999 frei wurde. Herkunftskantone müssen den Universitätskantonen gemäss er Vereinbarung künftig für ihre Studierenden höhere Jahresbeiträge (je nach Fachbereich 9500 bis 46 000 Fr.) zahlen [47].