1995 war der Ständerat mit seinen Bestrebungen für eine engere Fassung der gesetzlichen Bestimmungen über den Schutz von Parlamentariern und von diesen gewählten Magistratspersonen vor der Strafverfolgung am Veto des Nationalrats gescheitert. Nun unternahm seine Kommission für Rechtsfragen einen neuen Anlauf. Mit einer parlamentarischen Initiative beantragte sie eine restriktivere Bestimmung, indem festgehalten werden soll, dass diese relative Immunität (d.h. das Erfordernis einer Zustimmung des Parlaments zu einer Strafverfolgung) nur dann gewährt wird, wenn die inkriminierte Handlung in „unmittelbarem“ Zusammenhang mit der amtlichen Tätigkeit steht. Da allerdings dieser Zusammenhang nicht objektiv definiert werden kann, wird weiterhin das Parlament darüber zu entscheiden haben, ob ein solcher gegeben sei [39]. Gemäss den Ausführungen des Kommissionspräsidenten Zimmerli (svp, BE) anlässlich der Eintretensdebatte wäre ein solcher unmittelbarer Zusammenhang gegeben, wenn die inkriminierte Person sich bei ihren Äusserungen auf Informationen stützt, die sie im Zusammenhang mit ihrer parlamentarischen Tätigkeit erworben hat. Der Ständerat stimmte dieser neuen Regelung zu. Gegen den Kommissionsantrag hatten sich zwei Opponenten mit gegensätzlicher Stossrichtung gestellt: Carlo Schmid (cvp, AI) beantragte Nichteintreten, da eine möglichst weitgefasste relative Immunität für die Meinungsfreiheit der Parlamentarier, die eine andere Rolle als die übrigen Bürger zu erfüllen hätten und deren Äusserungen auch viel kritischer wahrgenommen würden, von grosser Wichtigkeit sei. Im Gegensatz zu ihm plädierte der Freisinnige Marty (TI) für die Abschaffung der relativen Immunität, da dieses Privileg für die Ausübung des Amtes für die meisten Parlamentarier ohnehin nicht relevant sei, da gegen sie nie Strafanzeigen eingereicht würden. Der Nichteintretensantrag Schmid wurde vom Rat mit 28:15 Stimmen abgelehnt. Der Antrag der von Marty vertretenen Minderheit, die Immunität nur noch für Handlungen, die sich direkt auf die amtliche Tätigkeit von Parlamentariern beziehen (also z.B. Reden im Parlament und dessen Ausschüssen) zu gewähren, wurde relativ knapp abgelehnt [40].

Einem einstimmigen Antrag seiner Rechtskommission folgend, beschloss der Nationalrat diskussionslos, auf diesen Entscheid des Ständerats nicht einzutreten. Kommissionssprecher de Dardel (sp, GE) begründete diese Ablehnung einerseits damit, dass diese neuen Bestimmungen noch mehr Interpretationsprobleme schaffen würden als die bisherigen. Andererseits war aus seiner Begründung auch deutlich die Verärgerung über die Haltung der kleinen Kammer im Fall der Immunitätsgewährung für Nationalrat Keller (sd, BL) herauszuhören (siehe dazu gleich anschliessend) [41].

Auf Antrag seiner Kommission lehnte der Ständerat den Entscheid des Nationalrats aus dem Vorjahr ab, die Immunität von Nationalrat Keller (sd, BL) im Fall einer Strafverfolgung wegen Verstosses gegen das Anti-Rassismusgesetz aufzuheben. Die Kommission verurteilte zwar die Äusserungen Kellers, begründete ihren ablehnenden Antrag jedoch damit, dass bei dem hier vorliegenden Fall der relativen Immunität (Keller hatte sein Communiqué als Nationalrat und Parteipräsident gezeichnet) ein gewisser Ermessensspielraum bestehe. Insbesondere könne die Immunität gewährt bleiben, wenn ungenügende Anhaltspunkte für eine Verurteilung vorliegen. Dies war nach Ansicht der Kommission der Fall: Keller habe unmittelbar nach seiner Tat klargestellt, dass sich der Boykottaufruf nicht gegen Juden im allgemeinen richte, sondern gezielt als Gegenmassnahme gegen diejenigen amerikanischen jüdischen Firmen, welche zu einem Boykott der Schweiz aufrufen, gedacht sei. Für den Berner Zimmerli (svp) war diese Argumentation nicht stichhaltig. Da es sich nicht um einen unbedeutenden Fall von Ehrverletzung handle, sondern um die Auslegung eines neuen und unter Menschenrechtsaspekten sehr wichtigen Gesetzes, könne nicht das Parlament in einem summarischen Vorverfahren über die Strafwürdigkeit urteilen. Sein Antrag, die Immunität von Nationalrat Keller aufzuheben, unterlag mit 27:15 Stimmen. Der Nationalrat bestätigte hingegen mit dem praktisch gleichen Stimmenverhältnis wie im Dezember 1998 (96:55) seinen Aufhebungsentscheid. In der Differenzbereinigung hielt die kleine Kammer mit 25:11 Stimmen an ihrem ursprünglichen Entscheid fest, womit das Geschäft aus den Traktanden gestrichen und die Immunität von Keller nicht aufgehoben wurde [42].