En réponse à une demande de l’OTAN (Organisation du Traité de l’Atlantique Nord), la Suisse a pris la décision de participer à une troupe de maintien de la paix au Kosovo en envoyant sur place 160 militaires au maximum (gardes-fortifications, instructeurs et miliciens volontaires) dès le mois de septembre. Les participants ont reçu une formation de trois semaines avant d’être envoyés sur place. La majorité des soldats suisses ne pouvant légalement pas être armés (cf. supra), c’est un bataillon autrichien, lui-même incorporé dans la brigade allemande chargée de contrôler le secteur sud-ouest du Kosovo, qui a été chargé de leur sécurité. Prévu jusqu’à la fin de l’année 2000, cet engagement de la Swiss Company (SWISSCOY) consiste notamment en des tâches de transport, de génie, de remise en état de réseaux d’eau potable et de la mise en place et de la direction d’un centre de soins. Le Conseil fédéral a en outre déclaré que contrairement aux pays de l’OTAN engagés dans la Kosovo Force (KFOR) qui ont pour tâche l’imposition de la paix, la Suisse se refusera – tout comme les Autrichiens – à prendre part à des actions d’imposition de la paix en contradiction avec la neutralité. En plus de cette mesure, le gouvernement a décidé d’une part d’augmenter son aide humanitaire et d’autre part, de mettre à disposition 10 millions et 70 personnes (dont sept policiers non-armés) pour la mise en place d’institutions démocratiques et judiciaires et pour le déminage, ceci en collaboration avec l’ONU, l’OSCE et le Centre de déminage humanitaire de Genève. Pour la première fois, quatre policiers suisses professionnels armés ont été envoyés à l’étranger. Attachés à la Brigade sud multinationale au Kosovo, ils ont été incorporés dans une compagnie de gendarmes allemands, tout en restant sous le commandement de la SWISSCOY. Adolf Ogi s’est rendu au mois de novembre sur place et s’est dit impressionné par le travail accompli par la compagnie suisse [31].

Alors que le conflit battait son plein au Kosovo, le Conseil fédéral avait déjà décidé d’envoyer en Albanie trois hélicoptères de l’armée « Super Puma » pour des missions d’évacuation de réfugiés et de transport de matériel humanitaire. Une quarantaine de militaires, dont des gardes-fortifications armés, ont accompagné les trois appareils pour assurer leur maintenance et la logistique. Baptisée « Alba », cette mission a été accomplie dans le cadre des activités du PPP (Partenariat pour la paix). Adolf Ogi s’est rendu en avril en Albanie pour se rendre compte de la situation sur place. En complément des trois hélicoptères, un avion de transport a été loué à l’armée espagnole afin de pouvoir acheminer vivres et matériel à Tirana. Bien qu’au début de l’été le Conseil fédéral a annoncé qu’il prolongeait cette opération jusqu’à la fin janvier 2000, les trois hélicoptères ont finalement été rapatriés en Suisse au mois d’août, le centre de gravité de l’aide internationale s’étant déplacé vers le Kosovo. Au total, l’opération « Alba » a duré 116 jours durant lesquels 5194 personnes ont été évacuées des camps de réfugiés, alors que 878 tonnes de matériel y ont été acheminées. Par ailleurs, la Suisse a décidé de prolonger son aide au déminage de la Bosnie jusqu’à la fin du mois de mai 2000. Six gardes-fortifications effectuent cette tâche sous mandat du Haut-Commissariat de l’ONU pour les réfugiés et de l’Union européenne [32].

Tout comme en Autriche, les avions de l’OTAN se sont vu refuser le survol de la Suisse pour des raisons de neutralité. La Confédération a motivé son attitude par le fait que l’Alliance ne disposait pas d’un mandat de l’ONU pour bombarder la Yougoslavie [33].

Le Conseil fédéral a approuvé le troisième programme de partenariat individuel pour 1999 et 2000. Le gouvernement veut porter l’accent sur le contrôle démocratique des forces armées, le droit international humanitaire et l’instruction en matière de politique de sécurité. Pour 1999, le coût de cette participation au PPP est de 5,8 millions de francs, soit 70% de plus qu’en 1998. La Suisse doit participer à environ 200 activités organisées par l’OTAN et les Etats partenaires (exercices, séminaires, cours). Une motion de Ulrich Schlüer (udc, ZH) proposant la désignation d’une délégation parlementaire permanente auprès du Partenariat pour la paix (PPP) a été rejetée par 86 voix contre 5 par le Conseil national. Dans sa prise de position écrite, le bureau a argumenté que la Suisse ne faisant pas partie de l’OTAN, il n’était pas question d’une participation parlementaire plus active avec cette organisation, contrairement à ce qui se pratique avec l’OSCE ou le Conseil de l’Europe [34].

Le Groupe de la planification étudie l’introduction de la langue anglaise dans l’armée suisse. Afin de pouvoir communiquer plus facilement avec les armées étrangères dans le cadre du PPP, des cours d’anglais devraient effectivement être dispensés dès 2003 au plus tard. Cette mesure serait accompagnée d’un alignement des procédures de commandement helvétiques sur celles de l’OTAN. Dans cette optique, quelques centaines d’officiers suisses devraient être envoyés à l’étranger pour se former [35].