Après avoir adopté la loi fédérale sur l’agriculture en 1998, les Chambres fédérales se sont prononcées en faveur de l’arrêté fédéral sur les moyens financiers destinés à l’agriculture pour les années 2000 à 2003. Cette deuxième phase concrétise l’avènement d’une nouvelle politique agricole qui remplace le soutien des prix par une certaine garantie de revenus pour les producteurs sous forme de paiements directs liés à des prestations écologiques requises. Comme l’a résumé le Conseiller fédéral Pascal Couchepin devant le Conseil des Etats, l’attribution de moyens financiers doit avoir pour conséquence une plus grande prévisibilité de l’engagement de l’Etat avec la stabilisation de ses dépenses en la matière, ainsi que pour les producteurs des conditions-cadres financières qui soient claires. Première chambre à traiter du sujet, le Conseil des Etats a accepté sans ambages l’entrée en matière et l’examen de détail à l’unanimité. Apparemment convaincu que l’enveloppe allouée de 14 milliards était un minimum, il n’a effectué aucune proposition de réduction. La CER a néanmoins relevé plusieurs points sensibles, comme la diminution du nombre d’exploitations agricoles, le risque de créer des déplacements dans la production et la nécessité d’intensifier les efforts visant à l’ouverture vers de nouveaux marchés.

Après une entrée en matière soutenue par tous les groupes politiques, le débat au Conseil national a été plus disputé. Trois propositions de minorité ont tenté sans succès de modifier la version du Conseil fédéral. La première, défendue notamment par les groupes démocrate-chrétien et UDC, désirait diminuer de 60 millions de francs le montant destiné à l’amélioration des bases de production et augmenter de 160 millions celui octroyé à la promotion de la production et des ventes. Cette augmentation de l’enveloppe en faveur de l’agriculture de 100 millions a été refusée par 106 voix contre 45. Exactement à l’opposé, une proposition Gysin (ps, BS) concernant le même alinéa a tenté de réduire de 400 millions les moyens destinés à la promotion de la production et des ventes. Elle a également été clairement refusée par 114 voix contre 35. Enfin, une tentative d’augmenter la part des paiements directs écologiques à 25% au moins des paiements directs généraux d’ici à 2003 a été refusée par 97 voix contre 60. Lors du vote sur l’ensemble, la chambre du peuple a accepté d’adhérer à la décision du Conseil des Etats par 121 voix contre 4 et 13 abstentions [9].