Dans la procédure d’élimination des divergences, le Conseil national n’a pas cédé sur la compétence de l’introduction de la taxe sur le CO2. Il l’a maintenue du ressort des Chambres fédérales, par 91 voix contre 63 [25]. Le Conseil des Etats est revenu sur la question au cours de la session de printemps. Il a également campé sur ses positions en maintenant cette compétence à l’exécutif, par 20 voix contre 18 [26]. A la session d’été, le National ne cédant pas, une conférence de conciliation a été nécessaire [27]. Elle a proposé une solution de compromis: le Conseil fédéral pourra introduire la taxe sur le CO2, si l’objectif de réduction du volume d’émissions n’est pas atteint. Toutefois, l’exécutif devra tenir compte de l’efficacité d’autres taxes sur l’énergie, des mesures adoptées par d’autres Etats, des prix des combustibles et des carburants dans les Etats voisins, de la capacité concurrentielle de l’économie en général et des différents secteurs économiques. Cependant, le montant de la taxe sera soumis à l’approbation de l’Assemblée fédérale. La Chambre haute a accepté la variante proposée sans discussion, la Chambre basse par 101 voix contre 36. Dans les votes finaux, la Chambre des cantons a accepté le projet par 38 voix contre 1, celle du peuple par 143 voix contre 44 et 7 abstentions. Au National, l’opposition était à majorité UDC, suivie de quelques radicaux et membres du PdL [28].