Les Chambres fédérales, après avoir approuvé l’entrée en matière sur les sept accords sectoriels bilatéraux, se sont penchées spécifiquement sur les modifications législatives s’y rapportant. Pour l’approbation des sept accords, voir supra, part. I, 2 (Europe: UE).

Le Conseil national a traité, lors de la session spéciale d’août, la loi fédérale concernant le transport de marchandises et de voyageurs par rail et par route. Il y a mentionné les interdictions de circuler la nuit (de 22h00 à 05h00) et le dimanche pour les poids lourds destinés au transport de marchandises. Le projet a été accepté par 133 voix contre 2 et 9 abstentions [17].

Au Conseil des Etats, les sénateurs ont créé deux divergences avec le National. Premièrement, ils ont souhaité supprimer de la loi les précisions d’heures concernant les interdictions de circuler la nuit et le dimanche pour des motifs formels, estimant que cette disposition devait être réglée dans la LCR (solution à laquelle adhérera ensuite le Conseil national). Deuxièmement, ils ont souhaité que le poids des véhicules soit fixé en même temps que les redevances routières, et non en parallèle avec celles-ci. Le vote sur l’ensemble a recueilli la majorité [18]. De retour au Conseil national lors de la session d’automne, les divergences introduites par la petite Chambre ont recueilli l’approbation de la commission. Dans le vote final, le projet a été approuvé par 154 voix contre 33 et 7 abstentions (opposition de droite, à majorité UDC). Au Conseil des Etats, il a obtenu l’unanimité [19].

Le Conseil national s’est ensuite penché sur la loi fédérale visant à transférer sur le rail le trafic de marchandises à travers les Alpes. Une minorité radicale et UDC a proposé que seul le trafic lourd de marchandises en transit de frontière à frontière à travers les Alpes soit transféré. Par 118 voix contre 63, les conseillers nationaux ont repoussé cette proposition jugée discriminatoire pour les transporteurs étrangers. Le point culminant du débat concerna la date à partir de laquelle le trafic marchandises devrait être ramené à 650 000 trajets. La majorité de la CTT souhaitait atteindre l’objectif au plus tard en 2007, soit à l’ouverture du tunnel du Lötschberg. Une minorité bourgeoise souhaitait suivre l’exécutif, soit à l’ouverture du Gothard (vers 2013). Une minorité écologiste demanda de limiter le trafic lourd à 500 000 courses annuelles en 2007, la réduction devant se faire par étapes de 100 000 courses annuellement. La minorité bourgeoise l’emporta finalement par 93 voix contre 88. Le groupe UDC souhaitait biffer l’article sur l’objectif de transfert; les députés s’y opposèrent par 128 voix contre 50. En outre, l’interdiction de discriminer les transporteurs suisses sera précisée dans la loi. Le National a accepté ensuite plusieurs amendements de la majorité de la CTT. L’octroi d’une moitié des contingents suisses sera soumis à la condition d’utiliser le trafic marchandises ferroviaire, cinq wagons de chemins de fer donnant droit à un contingent. L’autre moitié des contingents sera répartie entre les cantons qui tiendront compte des exigences des transporteurs. La vente et l’achat de contingents seront interdits. Les transports en trafic combiné à l’intérieur des zones radiales de 30 kilomètres, qui se rendent vers la gare de transbordement la plus proche, seront exonérés de la redevance sur le trafic des poids lourds liée ou non aux prestations. Les transports en trafic combiné qui quittent ces zones seront soumis à la totalité de la redevance. Dans des cas de rigueur, ils pourront exceptionnellement être affranchis de la limite de poids et exonérés de la redevance. Au vote sur l’ensemble, le projet a été approuvé par 115 voix contre 15 et 24 abstentions (opposition essentiellement UDC) [20].

Le Conseil des Etats a décidé, par 25 voix contre 19, que l’objectif des 650 000 trajets devait être atteint le plus rapidement possible, sans mention de délai. En cas de difficultés pour atteindre l’objectif de transfert, le Conseil fédéral devra édicter des dispositions transitoires. Les sénateurs ont souhaité qu’un tiers des recettes de la redevance perçue sur les contingents de camions de 40 t et de véhicules circulant à vide ou chargés de produits légers soit destiné aux cantons, deux tiers à la Confédération pour financer les mesures liées au transfert. Pour ces véhicules, la petite Chambre a voulu que l’exécutif définisse d’entente avec les cantons le nombre de contingents suisses. Et pour les 40 t, l’exécutif veillera à l’égalité de traitement des transporteurs suisses et étrangers. Le Conseil fédéral pourra subordonner l’octroi d’une moitié des contingents suisses à certaines conditions non précisées; l’autre moitié sera répartie entre les cantons. Les sénateurs ont décidé que les trajets effectués en trafic combiné non accompagné donneront droit à un remboursement forfaitaire. Ils ont refusé la solution des zones radiales du National, et ajouté de nouveaux frais imputables dans la loi fédérale concernant l’utilisation de l’impôt sur les huiles minérales à affectation obligatoire (concernant la participation de la Confédération aux frais de construction des routes nationales). Des notions de sécurité et de protection ont été introduites à l’unanimité pour l’entretien courant des routes. Le vote sur l’ensemble a obtenu l’unanimité [21].

De retour au Conseil national, les délibérations ont porté à nouveau sur le nombre de courses annuelles maximum sur les axes de transit de la région alpine, ainsi que sur la date pour concrétiser l’objectif. Entre une proposition de majorité de la CTT, trois de minorités bourgeoises et une proposition subsidiaire du groupe UDC, la proposition de majorité l’emporta. La limitation du trafic lourd de marchandises à 650 000 courses annuelles devra se réaliser le plus rapidement possible, mais au plus tard deux ans après l’ouverture du tunnel de base du Lötschberg (2008 ou 2009). Le produit de la redevance sur les contingents de camions de 40 t et de véhicules circulant à vide ou chargés de produits légers servira à financer les mesures pour transférer le trafic lourd de marchandises à travers les Alpes de la route au rail, sans mention de répartition pour les cantons. Cette redevance n’est pas la RPLP, ses recettes doivent servir à financer les mesures d’accompagnement pour le transfert. Concernant la répartition des contingents suisses, prévue pour les courses de véhicules de 40 t et de véhicules circulant à vide ou légers, la grande Chambre a maintenu, pour l’octroi d’une moitié des contingents, son paramètre de cinq wagons pour un contingent. L’autre moitié des contingents sera répartie entre les cantons. Les députés ont maintenu l’exonération de la redevance sur le trafic des poids lourds liée ou non aux prestations pour les transports en trafic combiné à l’intérieur des zones radiales de 30 km [22].

Le Conseil des Etats a repris le dossier à la session d’automne. Il s’est rallié au National concernant la limitation pour le trafic lourd de marchandises et le délai à respecter, suivant sa CTT par 22 voix contre 18. Cet objectif a été considéré comme un but idéal vers lequel il fallait tendre plutôt qu’une nécessité absolue à réaliser. Cette vision des choses a été d’ailleurs confirmée par l’exécutif. La Chambre des cantons a maintenu sa version concernant le produit de la redevance perçue sur les contingents (40 t et véhicules à vide ou chargés de produits légers): un tiers aux cantons, deux tiers à la Confédération. Elle a également maintenu sa position concernant l’octroi des contingents suisses qu’elle n’a pas souhaité détailler. De plus, les sénateurs ont refusé la version du National ayant trait aux zones radiales. Les trajets effectués dans le trafic combiné non accompagné donneront droit à un remboursement forfaitaire [23].

Poursuivant le processus de la navette, le Conseil national a refusé une nouvelle fois l’attribution aux cantons d’un tiers des recettes provenant de la perception de la redevance sur les contingents de camions de 40 t et de véhicules circulant à vide ou légers. La grande Chambre a néanmoins accepté la version plus souple du Conseil des Etats pour l’octroi des contingents suisses et pour le remboursement forfaitaire pour les trajets effectués dans le trafic combiné non accompagné [24]. Le Conseil des Etats s’est finalement rallié au National pour l’ultime divergence. Les recettes de la redevance sur les contingents susmentionnés iront uniquement à la Confédération pour financer les mesures de transfert du trafic lourd de marchandises à travers les Alpes [25]. Dans les votes finaux, la grande Chambre a accepté le projet de loi par 145 voix contre 36 et 14 abstentions (opposition de droite, à majorité UDC); la Chambre des cantons par 33 voix contre 6 [26].

Dans l’arrêté fédéral allouant un plafond de dépenses pour promouvoir le trafic combiné, le National a suivi la majorité de sa CTT en votant un montant plus élevé que celui de l’exécutif, soit 3,3 milliards de francs de 2000 à 2010. Il a décidé de promouvoir l’ensemble du trafic marchandises par rail; l’exécutif ne parlait que du trafic combiné. Les contributions d’investissement aux terminaux, versées dans le cadre de programmes pluriannuels, seront fondées sur des bases de financement propres. De plus, à partir de 2000, une enveloppe de 300 millions de francs par année sera débloquée pour financer les mesures de transfert. Avec l’entrée en vigueur de la RPLP ou l’ouverture du tunnel du Lötschberg, et si l’objectif de transfert est atteint, l’enveloppe annuelle sera ramenée progressivement à son niveau de 1999. Au vote sur l’ensemble, le projet a recueilli 126 voix contre 29 et 3 abstentions [27].

Le Conseil des Etats s’en est tenu au montant proposé par l’exécutif, soit 2,85 milliards de francs. En outre, il a été plus précis que le National en souhaitant promouvoir uniquement le trafic ferroviaire de marchandises, soit des réductions du prix des sillons et des indemnités (et non l’ensemble du trafic). Le vote sur l’ensemble a recueilli l’unanimité [28]. Au National, les députés ont maintenu leur version: l’ensemble du trafic marchandises par rail sera promu. Le montant du plafond plus élevé a également été maintenu par 92 voix contre 75 [29]. Le Conseil des Etats a ensuite campé sur sa position concernant ce montant [30]. Sur cette ultime divergence, le Conseil national a finalement cédé, suivant la minorité de la commission soutenue par les groupes radical et UDC. C’est par 81 voix contre 77 que la grande Chambre a donc accepté de limiter le plafond des dépenses à 2,85 milliards de francs [31].