En janvier, le Conseil fédéral a libéré 420 millions de francs pour la poursuite des travaux préparatoires des tunnels de base du Gothard (245 millions) et du Lötschberg (175 millions). Le montant total correspond à la troisième tranche du deuxième crédit d’engagement NLFA, bloquée jusqu’ici [76].

Le Conseil fédéral a ensuite publié un message sur le nouveau crédit d’ensemble pour la réalisation des NLFA. Jusqu’alors, des crédits d’engagement d’environ 2,5 milliards de francs ont été débloqués pour le projet. Un premier crédit d’ensemble était destiné à l’établissement des projets et à la préparation de la construction des lignes de base du Gothard et du Lötschberg, ainsi qu’à la réalisation de la ligne du Zimmerberg et à l’aménagement partiel de la ligne Saint-Gall–Pfäffikon (SZ). Le deuxième crédit d’engagement servait à passer des travaux de planification, de sondage et de préparation à la construction des tunnels de base. Mais, les crédits déjà alloués pour les axes de base seront déjà affectés et épuisés à la mi-1999. Pour poursuivre les travaux avant l’ouverture du nouveau crédit d’ensemble, un crédit additionnel de 290 millions de francs (Lötschberg 200 millions, Gothard 90 millions) a été demandé au parlement. Ce crédit a été accordé durant la session d’été. L’objet du message actuel est un nouveau crédit global pour le projet général des NLFA, qui se substituera aux deux premiers crédits susmentionnés. Il porte sur les investissements depuis 1993 jusqu’à la fin du projet. Par souci de transparence, il est subdivisé en crédits d’objet. Les crédits d’engagement existants (1er et 2e) sont supprimés. Les engagements contractés lors de leur utilisation et les paiements déjà effectués sont reportés sur le nouveau crédit d’ensemble. Sept crédits d’objet correspondent chacun à un objet; le huitième contient les réserves. Le montant du crédit d’ensemble est de 12,6 milliards de francs, réserves comprises. Il correspond au prix et à l’état du projet en 1998, sans le renchérissement, sans la TVA ni les intérêts intercalaires. Il sera débloqué en deux phases. Pour la première phase, le montant à libérer est de 9,7 milliards de francs. Celui de la seconde phase, bloqué, s’élève à 2,9 milliards. La gestion du crédit est de la compétence de l’exécutif qui peut l’augmenter à raison du renchérissement attesté, de la TVA et des intérêts intercalaires [77].

Le Conseil national s’est penché sur le projet qui, entre-temps, a été modifié par l’exécutif dans la répartition des crédits pour trois des sept objets (raccordement à la Suisse orientale, aménagements du tronçon St-Gall – Arth-Goldau et réserves). Ces modifications n’ont en rien changé le crédit total, seule la répartition entre la première phase et la seconde phase a été modifiée. Pour les deux premiers objets, les montants pour la première étape sont plus élevés. Pour les réserves, c’est le montant de la première phase qui diminue. Les députés ont suivi la nouvelle version de l’exécutif par 137 voix contre 8 et 5 abstentions. Au Conseil des Etats, les sénateurs ont suivi le National à l’unanimité [78].

Dans le cadre du budget 2000, le parlement a approuvé les crédits de paiements pour l’exercice 2000, prélevés sur le fonds pour les grands projets ferroviaires. Ces crédits concernent les NLFA à hauteur de 766 millions de francs, Rail 2000 pour 802,5 millions, le raccordement au réseau européen à grande vitesse pour 2 millions et finalement les mesures de protection contre le bruit pour 50 millions de francs [79].

Le Conseil national a transmis un postulat Ratti (pdc, TI) réclamant une stratégie de communication de la part du Conseil fédéral concernant les grandes infrastructures, pour relancer le système ferroviaire suisse. Il demande que le public soit renseigné sur l’avancée de la politique des transports, l’état des lieux de l’emploi des ressources, le calendrier et le budget [80].

Le Conseil national n’a pas donné suite à une initiative parlementaire Hegetschweiler (prd, ZH) concernant le tunnel de base du Zimmerberg (ZH). La première étape des travaux, faisant partie de «Rail 2000» (deuxième ligne à double voie entre Zurich et Thalwil), devrait se terminer en 2003. Tandis que la seconde partie, c’est-à-dire le percement de la partie NLFA du tunnel (deuxième phase des NLFA), ne devrait débuter qu’en 2006 (de 2006 à 2013). Dans un souci de rationalisation des coûts, l’initiative proposait d’avancer le début des travaux de la deuxième partie (NLFA) à 2003, afin d’utiliser le tunnelier de 2000 tonnes qui sera sur place au lieu de le faire démonter puis remonter trois ans plus tard. Cette solution a également été soutenue par les gouvernements des cantons de Zurich, de Zug et de Lucerne, en cours d’année. L’avancement des travaux permettrait, selon l’initiant, d’économiser environ 50 à 90 millions de francs et d’ouvrir au trafic le tunnel du Zimmerberg en 2007 au lieu de 2013. Les députés ont toutefois rejeté l’initiative par 75 voix contre 56, craignant qu’elle ne déstabilise l’ensemble du puzzle des NLFA. Si ce tronçon se faisait plus tôt, 615 millions de francs environ devraient être disponibles près de sept ans avant la date fixée dans le budget général des NLFA. Toutefois, le Conseil fédéral a autorisé le DETEC (lors d’une séance du 23 juin) à lancer rapidement la procédure d’approbation des plans pour construire le Zimmerberg, au cas où un financement de tiers était trouvé (privés ou collectivités régionales et locales) [81].

En août, le gouvernement tessinois ainsi que des représentants d’Alp Transit Gothard SA ont également réclamé d’avancer la construction du tunnel NLFA du Ceneri (TI) qui fait lui aussi partie de la seconde phase des NLFA. La construction, planifiée pour 2006, a été sollicitée pour 2002. Le conseiller fédéral Leuenberger a affirmé qu’une anticipation des travaux n’était pas envisageable, sauf en cas de financement privé [82].

Dans le cadre de l’approbation par l’exécutif des avant-projets de raccordement aux tunnels NLFA du Lötschberg et du Gothard, la Confédération et le gouvernement du canton d’Uri ne sont pas parvenus à s’entendre sur le tracé de la NLFA dans la région Altdorf/Erstfeld. Le gouvernement uranais estimait que la variante «vallée» contredisait le plan directeur cantonal; il plaida pour la variante passant par le flanc de la montagne qu’il jugeait plus écologique. Le Conseil fédéral a ordonné une procédure de conciliation en mars. Suite à de nouvelles études, l’Office fédéral des transports (OFT) a maintenu la variante «vallée». Toutefois, l’Office a convenu que la population du canton d’Uri était déjà fortement incommodée par les effets du trafic routier et ferroviaire et que les NLFA seront une atteinte supplémentaire à la vallée inférieure de la Reuss. Il a donc proposé de créer un fonds d’un montant de plusieurs millions de francs, affecté à des améliorations dans les domaines de l’environnement et de l’aménagement du territoire. Le gouvernement d’Uri a vivement critiqué la décision de l’OFT, et une alliance uranaise, interpartis, s’est créée pour défendre le Conseil d’Etat d’Uri dans ses négociations avec la Confédération [83].

En novembre, la Délégation de surveillance des NLFA des Chambres fédérales a publié son premier rapport concernant la haute surveillance sur les travaux de construction des NLFA pour 1999, destiné aux commissions des finances, de gestion et aux CTT. La Délégation a estimé que l’éventualité de réaliser plus tôt que prévu des projets faisant partie de la deuxième phase des NLFA impliquerait des modifications législatives [84].