Le Conseil national a rejeté une motion du PRD chargeant le Conseil fédéral de présenter aux Chambres un projet concernant la deuxième étape de la réforme des chemins de fer. Celui-ci devait comprendre le remplacement des CFF par des unités juridiquement indépendantes de droit privé, le détachement de secteurs de prestations annexes et finalement l’engagement du personnel conformément aux dispositions du code des obligations. S’en tenant aux statuts juridiques des CFF (société anonyme de droit public) et des employés (soumis aux mêmes règles que le personnel fédéral), décidés en 1998 par le parlement, les députés ont rejeté l’objet par 73 voix contre 50 [88].

Les statuts des Chemins de fer fédéraux (CFF) ont été définitivement approuvés par le Conseil fédéral. Selon le bilan d’ouverture, l’entreprise dispose d’un capital propre de 11 milliards de francs, composé d’un capital-actions de 9 milliards et de réserves de 2 milliards de francs. La somme du bilan s’élève à 29 milliards de francs. Afin que la nouvelle SA ne soit pas trop chargée financièrement de sa période de régie d’Etat, la Confédération a renoncé à un remboursement d’environ 500 millions de francs [89].

A la Chambre basse, une motion Zwygart (pep, BE) demandait à l’exécutif de faire en sorte que les CFF proposent un abonnement général et demi-tarif valable au-delà des frontières nationales. L’exécutif a répondu que la question était de la compétence des CFF qui ont expliqué qu’un abonnement général européen serait prohibitif en terme de prix et que le marché pour ce type d’offre faisait défaut. Concluant que les CFF devaient proposer des offres rentables, le motionnaire retira sa requête [90].

En avril, les négociations entre les syndicats du personnel et la direction des CFF ont abouti à un accord sur une diminution du temps de travail, de 41 à 39 heures hebdomadaires, effective dès le 1er juin 2000. Les coûts de cette diminution seront supportés pour moitié par chacun des partenaires (employés – employeurs). De plus, une annualisation du temps de travail personnelle a été introduite. Ces mesures devraient permettre d’augmenter le personnel de 500 postes. Elles n’empêcheront toutefois pas les diminutions d’effectifs, mais elles les ralentiront. Pour 1999, les CFF ont annoncé vouloir supprimer 1000 emplois, dont 900 par retraite [91]. Par la suite, le directeur général des CFF a annoncé la suppression de 500 à 800 postes d’ici à 2003, lors d’une réunion avec les dirigeants syndicaux. La restructuration touchera tous les domaines de l’entreprise, mais ne devrait cependant pas entraîner de licenciements. La tension est montée entre la direction des CFF et le syndicat du personnel des transports (SEV) au cours de l’année, notamment suite à la décision d’Adtranz (un des principaux fabricants du matériel ferroviaire acquis par les CFF) de fermer deux usines suisses (Pratteln et Zurich-Oerlikon). Cette décision a fait beaucoup de bruit dans la presse et auprès des syndicats. Le SEV a reproché à la direction de ne pas soutenir suffisamment les usines, et souhaité que les CFF fassent pression sur Adtranz pour qu’il revoie sa décision. En outre, le SEV s’est inquiété du futur statut du personnel des CFF, car le nombre de catégories salariales sera fortement réduit et une partie du salaire sera liée aux prestations [92].

Le Conseil fédéral a défini les objectifs stratégiques de la société anonyme CFF pour la période 1999–2002. Il a chargé la SA de gagner des parts de marché dans le trafic voyageurs et de sauvegarder l’ensemble du système des transports publics malgré la concurrence. L’entreprise devra non seulement maintenir sa position face à la route dans le trafic marchandises, mais encore partir à l’offensive afin de contribuer au transfert vers le rail. Les CFF devront accroître leur productivité d’au moins 5% par année dans les secteurs marchandises et voyageurs. Les coûts d’infrastructures devront également être réduits de 5%. Finalement, un résultat financier globalement positif est attendu pour les deux genres de trafic [93].