Nach einem vernichtenden Wahljahr 1999 und einem schlechten Jahresdebüt in St. Gallen, bei dem sämtliche Kantonsratssitze verloren gingen, wollte sich die Freiheits-Partei für die Zukunft klarer positionieren. An der Delegiertenversammlung in Aarau wurden die neuen alten Kernbereiche festgelegt: Verkehrs-, Asyl- und Finanzpolitik. Wer sich mit der politischen Ausrichtung der Partei nicht identifizieren könne, solle sich nach Meinung der Parteileitung anderweitig orientieren [65]. Ende Jahr blieb der FP in der Ostschweiz schliesslich noch ein einziger Thurgauer Parlamentssitz. In Schaffhausen und Basel-Stadt wurde sie gänzlich aus der Legislative verdrängt. In der Stadt Biel wurde dagegen Polizeidirektor Jürg Scherrer bestätigt [66].

Erzürnt über die Nein-Parole seiner Partei zu den bilateralen Verträgen mit der EU trat der langjährige Nationalrat (ZH) und Gründer der FP, Michael Dreher, im April mit sofortiger Wirkung aus dem Parteipräsidium zurück. Mit diesem Entscheid habe sich die Partei in die Gesellschaft von Sekten, Splittergruppen und Schweizer Demokraten begeben. Im November gründete Dreher gemeinsam mit sieben Mitstreitern, darunter auch der Aargauer FDP-Nationalrat Luzi Stamm, eine Stiftung „Auto Union zum Schutz der Automobilisten und der freien Mobilität“ [67].