Die SVP war aus den im Februar durchgeführten Grossratswahlen im Kanton St. Gallen als zweitstärkste Partei hervorgegangen. Die Regierungsratswahlen vom März standen deshalb im Zeichen dieser Partei, die nun auch den Einzug in das Siebenergremium anstrebte. Die Freisinnigen hatten sich zum Ziel gesetzt, den vor vier Jahren an die SP verlorenen dritten Sitz zurückzuholen. Erschwert wurde dieses Vorhaben durch den Rücktritt von Baudirektor Walter Kägi (fdp). An der Regierungsformel festhalten wollten hingegen die CVP und die SP, deren Kandidierende sich in einer Mitte-Links-Allianz wechselseitig unterstützten. Den Wahlberechtigten standen zehn Kandidierende auf elf Listen zur Wahl. Die SVP schickte zwei Quereinsteiger, den erfolglosen Ständeratsbewerber Manfred Zemp und den Berufsschullehrer Heinrich Schlegel, ins Rennen. Die Freisinnigen nominierten neben dem Bisherigen Hans Ulrich Stöckling ihre 36jährige Kantonalpräsidentin Karin Keller-Sutter sowie den Wittenbacher Gemeindeammann Willi Haag. Für die SP liessen sich die bisherige Innenministerin Kathrin Hilber und als Ersatz für den zurücktretenden Justiz- und Polizeidirektor Hans Rohrer Grossrat und Pädagoge Markus Linder aufstellen. Um ihre Wiederwahl bangen musste Volkswirtschaftsdirektorin Rita Roos (cvp). Sie, die im März 1999 knapp die Wahl in den Bundesrat verpasst hatte, wurde während des Wahlkampfs von verschiedener Seite wegen ihrer Amtsführung angegriffen. Die Christlichdemokraten stellten sich aber hinter Roos und traten mit den drei Bisherigen – neben Roos Finanzdirektor Peter Schönenberger und Gesundheitsdirektor Anton Grüninger – zum ersten Wahlgang an.

Die grosse Siegerin nach dem ersten Wahlgang war die FDP, die ihren dritten Sitz zurückgewinnen konnte: Keller und Haag (beide fdp) wurden in fünfter respektive sechster Position gewählt, der Bisherigen Stöckling (fdp) erreichte das drittbeste Resultat. Die Spitzenränge holten sich Schönenberger und Grüninger (beide cvp); Hilber (sp) rangierte an vierter Position. Roos (cvp) erzielte unter allen Kandidierenden die geringste Stimmenzahl und reichte ihren Rücktritt ein. Enttäuschend war das Resultat auch für die SVP. Keiner ihrer beiden Kandidaten schaffte die Hürde. Und die SP musste um ihren zweiten Sitz bangen. Ihr Kandidat Linder (sp) zog seine Kandidatur nach einem enttäuschenden Ergebnis zurück.

In einem zweiten Wahlgang galt es noch einen Sitz zu besetzen. Die CVP portierte den Joner Gemeindeammann und Grossrat Josef Keller. Die SVP hatte vergeblich versucht, Nationalrat Toni Brunner zu gewinnen. Sie trat nun mit dem Gewerbevertreter Markus Straub an. Die SP verzichtete auf ihren zweiten Regierungssitz. Gemeinsam mit einem überparteilichen Komitee, dem auch FDP-Mitglieder angehörten und den St. Galler Unabhängigen (der ehemalige LdU), unterstützten die Sozialdemokraten die Kandidatur Keller (cvp). Dieser wurde mit 69,7% der Stimmen gewählt. Straub erreichte 24,3% und der nicht kandidierende Brunner 5,2% [16].