Joseph Deiss a annoncé la signature par la Suisse du pacte de stabilité des Balkans, officialisant ainsi sa participation à l’action des trente pays fondateurs qui vise à la reconstruction de la région frappée par la guerre du Kosovo. D’observatrice, la Suisse est devenue membre à part entière et a bénéficié du soutien de plusieurs Etats des Balkans. Le pacte de stabilité concerne tous les Etats balkaniques, à l’exception de la Grèce et de la Serbie. Quelques semaines avant de devenir membre officiel, la Suisse avait, par le biais du secrétaire d’Etat von Däniken, accepté de participer à l’effort financier commun en faveur de l’Europe du Sud-Est. 200 millions de francs ont ainsi été débloqués et injectés dans le financement de projets dans la région, projets sélectionnés par le Pacte de stabilité. Ceux-ci devraient obligatoirement s’accompagner de réformes politiques et économiques. L’aide helvétique s’est concentrée sur le développement du secteur privé, la promotion du commerce régional et le financement d’infrastructures pour l’eau et l’électricité [52].

En vue des premières élections municipales en automne au Kosovo, le Vaudois Victor Ruffy s’est vu confier la responsabilité de la mission d’observation chargée de préparer le scrutin. En tant que chef de la délégation du Conseil de l’Europe, l’ancien conseiller national socialiste avait pour tâche de coordonner les actions sur le terrain, dans un environnement difficile aux institutions encore embryonnaires. Pour l’aider, le DFAE a mis deux observateurs suisses à la disposition du Conseil de l’Europe. La mission de la délégation devait surveiller successivement la procédure d’enregistrement des électeurs, la campagne électorale et enfin les élections elles-mêmes. Parallèlement, le chef de la DDC Walter Fust s’est réjoui des réalisations de l’aide suisse au Kosovo. Il a annoncé que plus de 900 habitations avaient été réparées durant l’année 1999, soit une dépense d’environ 10 000 francs par maison. Les 22 experts suisses présents dans la région au cours de la période ont aussi pu venir en aide à l’agriculture kosovare ravagée par la guerre: semences, tracteurs et plus de 400 vaches sont arrivés au Kosovo. Sur la base de ces bons résultats, la DDC prévoyait d’acheminer un nouveau contingent de vaches — entre 1000 et 1500 — et de consacrer 10 millions de francs à l’aide au Kosovo pour l’année sous revue [53].

Au cours de son voyage officiel en Ukraine, Joseph Deiss a pu visiter le Centre de formation des juges à Kiev , financés par la Suisse à hauteur de 100 000 dollars. Celui-ci propose des cours de perfectionnement aux juges ukrainiens désireux d’approfondir leurs connaissances en matières de droit, alors que plus de la moitié d’entre eux ont été formés sous un régime soviétique où pouvoirs judiciaire et exécutif n’étaient pas séparés. Chaque année, la DDC octroie 4 millions de francs à l’aide technique en faveur de l’Ukraine [54].

En fin d’année, le Conseil fédéral a allégé les sanctions à l’encontre de la Serbie. S’alignant sur les décisions de l’UE, il a levé le gel des avoirs des gouvernements yougoslave et serbe, ainsi que celui concernant les entreprises contrôlées par ces entités. La liste des personnes à qui il est interdit de fournir de l’argent a été réduite de 800 à 620 noms. A l’origine, plus de 100 millions de francs étaient bloqués en Suisse [55].