En début d’année, l’OFAG a enregistré les premiers produits suisses à obtenir une appellation d’origine contrôlée (AOC). Parmi les candidats à l’appellation figuraient le gruyère, l’Etivaz, la viande séchée des Grisons et l’eau-de-vie de poires du Valais. Le délai de consultation fut à la surprise générale rallongé de deux semaines: les opposants ont réclamé la prise en compte des féries judiciaires [32]. Si cette contrainte n’a pas empêché l’Etivaz d’obtenir la première AOC, le cas du gruyère a motivé plusieurs rebondissements de taille.En deux semaines, les oppositions, jusqu’alors au nombre de 15, se sont finalement fixées à 46. Ce chiffre important signifia une nouvelle période de négociations de plusieurs mois, alors que l’Interprofession du gruyère attendait avec impatience une AOC, viatique indispensable pour attaquer le marché européen. L’Interprofession s’est vigoureusement prononcé contre ces oppositions qui, selon elle, ne se basent que sur un intérêt industriel et ne concernent que 5% des 3200 producteurs et 200 fromagers suisses [33]. Durant l’année sous revue, le gruyère a reçu plusieurs signes de soutien, notamment de la part des autorités du Jura, de Fribourg, de Neuchâtel et de Vaud qui, par le biais d’une prise de position commune, ont envoyé un message à l’OFAG contre les oppositions à l’AOC et pour une prise en compte prioritaire de l’intérêt public [34]. De nouvelles négociations entre les parties ont permis de lever 90% des oppositions en cours d’année, mais le dossier n’a pas encore été bouclé [35].

Les déclarations d’origine ont aussi créé une polémique dans la production avicole. De nombreux producteurs d’œufs ont reconnu acheter leurs pondeuses à l’étranger, afin de se montrer concurrentiels dans un marché rendu bien plus difficile par sa récente libéralisation. En 1992, le producteur recevait 32 centimes par œuf, contre 22 ajourd’hui, pour un coût de production de 26 centimes. Ainsi, bousculant la tradition, de plus en plus des œufs suisses vendus dans le commerce proviennent de poules étrangères, moins chères. Selon la Coopérative SEG romande et les associations faîtières de production, 10% des œufs suisses furent pondus en 2000 par des poules d’origine étrangère. Elles ont annoncé regretter l’évolution du marché, rappelant l’importance d’une filière indigène dont on puisse suivre les conditions d’élevage au regard des normes fixées en Suisse [36].