Anticipant la loi sur le personnel [44] qui soumet les employés de la Confédération, de l'administration générale, de La Poste et des CFF à une convention collective de travail (CCT) et n'attendant pas les résultats du référendum de cette loi, les CFF ont négocié et conclu en mars avec la direction des syndicats une CCT. A leur tour, les collaborateurs syndiqués des CFF ont accepté la première CCT de fonctionnaires devenus employés soumis au droit public. Seule une partie (30%) des membres du Syndicat suisse des mécaniciens de locomotive l'ont refusé. Les quatre syndicats (Syndicat du personnel des transports/SEV, Syndicat chrétien des services publics/Transfair, ACTP et VSLF) réunissaient plus de 85% des 28500 employés CFF. L'entrée en vigueur a été agendée au 1er janvier 2001 pour trois ans. La CCT consacrait le temps de travail hebdomadaire de 39 heures. Cet horaire ne sera pas uniforme pour tous les employés, il devra tenir compte des besoins spécifiques de chaque secteur. La CCT introduisait comme le permettait la nouvelle loi un salaire comprenant une composante liée au mérite selon la fonction, l'expérience et les prestations. En contrepartie, les syndicats avaient obtenu qu'aucun licenciement économique ne soit effectué avant 2003. Les suppressions de poste prévues (environ 2300) se feront d'après les CFF essentiellement par les fluctuations naturelles. Pour les 20% restant, l'ex-régie mettra sur pied des programmes de formation continue avec des possibilités de retrouver un emploi à l'intérieur ou à l'extérieur de l'entreprise. La CCT réglait aussi la question de la participation du personnel: quatre commissions seront nommées pour s'occuper du temps de travail, de l'égalité, de la santé-sécurité et de l'image des professions exercées dans l'entreprise [45].

A la fin de l'année, les CFF se sont scindés en trois divisions, à savoir voyageurs, marchandises, infrastructures. Chaque secteur a reçu la responsabilité de rentabiliser ses activités. Pour l'année 2000, les CFF ont réalisé un bénéfice net de 146,2 millions de francs, en hausse de 21,5% et un résultat opérationnel en baisse de 14% à 336,6 millions. Son chiffre d'affaires a augmenté de 3,5%, à 5,95 milliards. Le trafic des voyageurs a bouclé l'année avec un bénéfice de 63 millions, alors que celui des marchandises a enregistré une perte de 58,8 millions. La division de l'infrastructure s'est révélée le secteur le plus rentable avec un excédent dépassant les 12 millions de francs. L'ex-régie fédérale y a réalisé ses plus importantes recettes en louant ses rails aux divers opérateurs: 728 millions de francs [46].