Le Conseiller fédéral Moritz Leuenberger a signé au mois de mars le Protocole de Bâle concernant la responsabilité internationale en cas de transports de déchets spéciaux. Ce protocole établit un régime complet de responsabilité pour les transports internationaux de déchets spéciaux. L'exportateur répond du transport jusqu'à ce que les déchets aient été délivrés à l'entreprise d'élimination dans le pays d'importation conformément aux prescriptions. Ensuite, c'est l'éliminateur qui en est responsable. Le Protocole de Bâle complétait la Convention de Bâle sur les déchets spéciaux, conclue en 1989 [16].

Alerté par les écologistes de Franche-Comté (F), Pierre Kohler (pdc), président du gouvernement et chef du département cantonal jurassien de l'environnement, a sommé la Basler Chemische Industrie (BCI) – les entreprises de la chimie bâloise (Novartis, Ciba, Clariant, Hoffmann-Roche, Rohner, Säure et Henkel&Cie) – d'assainir définitivement la décharge industrielle de Bonfol (JU). Le canton avait déjà demandé à la chimie bâloise en 1995 et 1998, suite à l'entre en vigueur de l'ordonnance sur les sites contaminés, de nettoyer la décharge. Le ministre jurassien entendait par là appliquer la nouvelle ordonnance fédérale sur les sites contaminés qui prônait le principe du pollueur-payeur. De 1961 à 1976, 114 000 tonnes de déchets toxiques ont été déposés sur les 20 000 m2 de la décharge jurassienne de Bonfol qui jouxte la commune de Pfetterhouse du côté de la frontière française. La majeure partie des déchets provenaient de l'industrie bâloise, mais aussi de l'armée suisse et de l'industrie horlogère. Ils ont ensuite été recouverts d'argile. La densité de la couverture n'étant pas optimale, elle a permis des infiltrations d'eau. A la mi-avril, le groupe de travail mandaté par le canton du Jura a livré ses premiers résultats; le site était pollué et ne répondait plus aux exigences légales. Dans le même temps, la commune de Bonfol, bénéficiaire d'importantes taxes et d'un forfait annuel pour la décharge, a demandé à être associé aux décisions prises. Les militants de Greenpeace se sont aussi manifestés en occupant la décharge afin que les déchets soient débarrassés.

A mi-mai, la BCI a donné son accord formel pour un assainissement total de la décharge chimique, mais elle a refusé d'adhérer au calendrier d'assainissement. Pour elle, l'acceptation de la responsabilité de pollueur-payeur allait de concert avec l'idée de pollueur décideur. Les résultats finaux de l'évaluation du site ont conclu que la décharge était bien polluée et devait être assainie dans les délais les plus brefs. Le Parlement jurassien a voté unanimement une résolution exigeant l'assainissement dans un délai de cinq ans et chargeait la BCI d'entreprendre les travaux nécessaires. Condition du départ de Greenpeace du site, la BCI s'est engagée par un accord avec Greenpeace et le Collectif Bonfol à financer outre l'étude de variantes d'assainissement de la décharge, des analyses complémentaires sur la nature géologique et hydrologique du sous-sol de la décharge. En octobre, le ministre jurassien et la BCI ont signé une convention dans laquelle la chimie bâloise s'engage à assainir d'une "manière complète et définitive" la décharge ajoulote dans les meilleurs délais. La seule concession obtenu par la BCI a été que le canton du Jura supprime l'échéance fixée à six ans. La convention prévoyait une étude neutre analysant et déterminant les variantes d'assainissement, tenant compte d'impératifs techniques, écologiques et de sécurité. Elle devra aussi fixer le délai d'achèvement des travaux. Leur commencement est prévu pour le printemps 2002. Le Jura est l'autorité de surveillance et la BCI s'est engagée à remplir ses obligations à l'égard de la commune de Bonfol. Un accord particulier entre la BCI et cette dernière a été mis en préparation. Le gouvernement et la BCI ont également décidé de préparer un accord de garantie financière à long terme. Le canton voulait se prémunir en cas de disparition de l'une ou l'autre des entreprises responsables de la décharge chimique [17].