Kurz vor Weihnachten gab das EDI seinen Entscheid hinsichtlich der Auswahl von Nationalen Forschungsschwerpunkten (NFS) als neues Instrument für die langfristige Forschungsförderung bekannt. Aus den ursprünglich 238 beim Nationalfonds eingereichten Vorschlägen waren dem EDI nach einem strengen Auswahlverfahren nur noch 18 vorselektierte Gesuche vorgelegt worden. Neun davon betrafen die Naturwissenschaften und die Medizin, sechs die Gesellschaftswissenschaften sowie die Geographie und drei weitere die technischen Wissenschaften. Zehn Gesuche wurden schliesslich bewilligt, vier definitiv abgelehnt und vier vorläufig zurückgestellt. Obwohl in der Vorauswahl unter den 18 Projekten noch vertreten, schaffte kein einziger sozial- oder geisteswissenschaftlicher Vorschlag die letzte Hürde. Die zehn bewilligten NFS stammten ausschliesslich aus den Lebens- und Umweltwissenschaften, der Kommunikations- und Materialtechnologie sowie der Physik. Innenministerin Dreifuss und Staatssekretär Kleiber mussten sich aufgrund dieses wissenschaftspolitisch heiklen Entscheids geharnischte Proteste und Kritik gefallen lassen. In einem offenen Brief an Dreifuss gaben Vertreterinnen und Vertreter der Geistes- und Sozialwissenschaften aus der ganzen Schweiz ihrer Enttäuschung Ausdruck, wiesen das von Kleiber vorgebrachte Argument, es fehlten Kriterien zur Beurteilung sozialwissenschaftlicher Forschung im internationalen Wettbewerb, scharf zurück und verlangten Vorschläge für eine nachhaltige Förderung der Geistes- und Sozialwissenschaften. Die zehn Schwerpunkte, auf welche die für 2001 bis 2003 bereitgestellte Summe von 126 Mio Fr. verteilt werden soll, laufen über zehn Jahre. Der Versuch des Nationalrats, einen Zusatzkredit von 60 Mio Fr. zur Finanzierung der vier zurückgestellten Gesuche durchzubringen, scheiterte. Mit 93 zu 77 Stimmen hatte zwar die grosse Kammer im Rahmen der Beratungen zum Voranschlag 2001 den einander identischen Anträgen der liberalen Fraktion und der SP-Fraktion sowie der Ratsmitglieder Gadient (svp, GR) und Neirynck (cvp, VD) auf Erhöhung des Budgets des Nationalfonds für den Zeitraum von 2001 bis 2003 um 60 Mio Fr. auf 365 Mio Fr. zugestimmt. Die Antragstellerinnen und Antragsteller hatten auf den drohenden Verlust an Energie und Know-how hingewiesen, die in die Erarbeitung der 18 Vorschläge investiert worden waren. Doch der Ständerat lehnte die Erhöhung des Budgetpostens ab, nachdem sich Finanzminister Villiger heftig dagegen gewehrt hatte, einem Betrag in dieser Höhe ohne vorherige Prüfung durch Bundesrat und zuständige Kommission zuzustimmen [84].

Mit der Annahme der sieben bilateralen Verträge mit der Europäischen Union (EU) in der Volksabstimmung vom 21. Mai sagte die Schweizer Bevölkerung auch Ja zum kaum bestrittenen Forschungsabkommen zwischen der Schweiz und der EU. Gesichert wurde dadurch die Teilnahme am laufenden 5. EU-Forschungsprogramm sowie die Mitgestaltung der Planung des 6. EU-Rahmenabkommens. In Gesprächen mit dem für Forschung und Bildung zuständigen EU-Kommissar Philippe Busquin diskutierte Staatssekretär Kleiber in Brüssel die Modalitäten für die Umsetzung der Bildungsprogramme, falls diese wegen des noch hängigen Ratifikationsverfahrens mit den 15 EU-Mitgliedstaaten nicht auf den 1.1.01 rechtswirksam werden könnten. Busquin sicherte Kleiber eine angemessene – allenfalls informelle – Beteiligung der interessierten Schweizer Stellen an der ab Herbst zu führenden Diskussion über die Planung des 6. Forschungsprogrammes zu [85].

Die Schweiz beteiligte sich finanziell am Wissenschaftskolleg in Berlin, das renommierten Forscherinnen und Forschern aus einem internationalen Kreis die Gelegenheit bietet, innerhalb eines akademischen Jahres ohne äusseren Druck über selbstgewählte Themen forschen zu können. Die Internationalisierung von Wissenschaft und Forschung sowie die Entwicklung eines europäischen Netzwerkes für Spitzenforschung wurden von Staatssekretär Kleiber als zentrale Gründe für die Beteiligung vorgebracht [86].