Die Delegierten der EDU wählten an Stelle des zurücktretenden Berner Nationalrats Christian Waber den Ostschweizer Hans Moser zum Parteipräsidenten. Moser war zuerst Mitglied der FDP, dann der EVP gewesen. Als diese die Ja-Parole zum EWR beschloss, gründete er mit Gleichgesinnten die EDU St. Gallen [67].

Weil die EDU im Bistumsartikel einen Garanten für den konfessionellen Frieden in der Schweiz sah, sprach sie sich gegen dessen Aufhebung aus [68]. Bei den Parlamentswahlen im Aargau konnte die EDU ihren 1997 gewonnen Sitz nicht halten.