Als Zweitrat nahm der Nationalrat in der Sommersession die Beratung der Revision des Strafgesetzbuchs und des Militärstrafgesetzes auf. Er schuf eine ganze Reihe von Differenzen zur kleinen Kammer. Bei der Heraufsetzung der Obergrenze für die Möglichkeit des bedingten Strafvollzugs waren ihm die vom Ständerat beschlossenen drei Jahre zu grosszügig; er reduzierte sie auf 24 Monate. Für Freiheitsstrafen von mindestens einem und maximal drei Jahren soll, wie vom Bundesrat beantragt und vom Ständerat beschlossen, die neue Strafnorm der teilweise bedingten Freiheitsstrafe möglich sein, bei der ein Teil auf jeden Fall abzusitzen ist. Weniger streng als der Ständerat war er bei den kurzen Freiheitsstrafen. Während der Ständerat entschieden hatte, dass diese ab 10 Tagen möglich sein sollen (im geltenden Recht sind es drei), hielt sich die grosse Kammer an das Konzept des Bundesrates, bisherige Freiheitsstrafen von weniger als sechs Monaten durch einkommens- und vermögensabhängige Tagesgeldsätze (Maximaltagessatz: 3000 Fr.) und gemeinnützige Arbeiten zu ersetzen. Bei den Bestimmungen über die Verwahrung von gefährlichen und rückfallgefährdeten Gewalt- und Sexualtätern argumentierte die SP vergeblich dafür, dass diese aus rechtsstaatlichen Gründen für psychisch gesunde Ersttäter nicht verhängt werden darf. Mehr Erfolg hatte die Linke, als sie zusammen mit dem Bundesrat den Antrag der Mehrheit der Rechtskommission bekämpfte, die Landesverweisung als zusätzliche Strafsanktion beizubehalten (dabei ist eine Wegweisung durch die Ausländerbehörde gestützt auf die Bestimmungen im Ausländerrecht weiterhin möglich). In der Differenzbereinigung wurden vom Ständerat in der Herbstsession die meisten Beschlüsse des Nationalrats übernommen [29].

Der Bundesrat war der Ansicht, dass die Forderungen der Volksinitiative „für eine lebenslange Verwahrung für nicht therapierbare, extrem gefährliche Sexual- und Gewalttäter“ in juristisch und praktisch befriedigenderer Form in die Revision des allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs aufgenommen worden seien. Er empfahl sie deshalb zur Ablehnung [30].