En 2000, le Conseil fédéral avait transmis son projet Gen-Lex permettant une utilisation nuancée, mais effective, de la recherche génétique dans l’agriculture. Cette décision avait heurté de front la gauche, les verts et plusieurs associations paysannes. Ces opposants se sont fermement engagés en faveur d’un moratoire sur les organismes génétiquement modifiés (OGN). Premier avis parlementaire sur la question, la commission des Etats, par 8 voix contre 4, a rejeté cette idée. Par contre, elle propose un certains nombres de mesures restrictives afin de ne pas permettre n’importe quelle expérimentation sur les dissémination d’OGN et de renforcer l’arsenal juridique civil et pénal. Le Conseil des Etats a ensuite suivi dans la même proportion les avis de sa commission: par 24 voix contre 16, la chambre haute a refusé le projet d’un moratoire sur les OGN appliqués à la culture en plein champ et à but commercial. Avant de transmettre le dossier au Conseil national, elle a toutefois insisté sur l’importance d’une législation sévère quant aux risques et aux dérives de l’expérimentation génétique [26].

En illustration indirecte de cette politique, l’Office fédéral de l’environnement, des forêts et du paysage (OFEFP) a posé son veto à la demande de l’EPFZ concernant la plantation d’une parcelle de blé génétiquement modifié, contenant la protéine KP4 («killer protein»). Ce refus fut le troisième en deux ans que l’office a opposé à une telle demande, rappelant que les connaissances scientifiques en la matière étaient insuffisantes et rendaient dangereuse cette expérience pour l’environnement et les humains. Cette décision a déclenché une véritable fronde au sein du monde scientifique et pharmaceutique qui y a vu une «attaque politique» de la part du directeur de l’OFEFP, Philippe Roche. Au lendemain de ce veto, cinq membres de la Commission fédérale d’experts pour la sécurité biologique (CFSB) ont rendu leur démission à Moritz Leuenberger, au prétexte que leur travail était selon eux systématiquement désavoué par l’OFEFP. De plus, une pétition de plusieurs dizaines de signatures de chercheurs et de représentants de la chimie suisse a été déposée à Berne. Lancée par Gen Suisse, elle demandait de retirer le dossier du génétique des mains de l’OFEFP et, plus précisément, de son directeur. Alors que l’EPFZ annonçait un recours contre la décision de l’office, l’USP et la Fondation pour la protection des consommateurs alémaniques (FPC) se sont déclarés très satisfaits de la position fédérale [27].