L’initiative "Avanti – pour des autoroutes sûres et performantes" a abouti en janvier avec 105 024 signatures valables. En attendant le contre-projet que le Conseil fédéral avait promis, le PRD et le PDC ont présenté un catalogue de mesures globales pour régler les problèmes de circulation en Suisse. Ces rapports avaient une portée générale; ils devaient à la fois répondre à l’initiative Avanti et à l’initiative parlementaire Giezendanner (udc, AG). Ces deux initiatives avaient comme point commun le percement d’un deuxième tunnel routier au Gothard (voir infra.). Le document stratégique du PRD, formulé en contre-projet d’Avanti, reprenait ses aspects majeurs, avec une exception pour ce qui concernait l’A1 entre Berne et Zurich; il proposait de limiter l’élargissement à six voies aux goulets entre Haerkingen (SO) et Wiggertal, ainsi qu’au contournement de Zurich. A l’instar du PRD et de l’UDC, le PDC a aussi manifesté, via son rapport, son soutien au percement d’un deuxième tunnel du Gothard. Sa position était toutefois plus tranchée que celle du PRD, car ses priorités allaient à la construction des NLFA et le transfert de la route vers le rail [17].

Pour préparer son contre-projet, le Conseil fédéral s’est basé sur un document qui analysait l’évolution de la charge de trafic sur l’ensemble du réseau routier d’ici à 2020. Pour lui, les flux autour des agglomérations, ainsi que sur quelques tronçons d’autoroute, poseront problème à l’avenir. Une ébauche du contre projet a été rendue public en août, la version définitive est attendue pour le printemps 2002. Elle prévoit d’aménager les tronçons autoroutiers les plus encombrés et de désengorger les axes autour des grandes agglomérations. Le Gothard ne figure pas parmi les routes surchargées. D’après l’étude, c’est essentiellement le trafic Nord-Sud des vacanciers qui cause une cinquantaine de jours de congestion par an. Par conséquent, le percement d’un deuxième tunnel ne se justifiait pas pour le Conseil fédéral. Son contre-projet ambitionnait avant tout de cordonner le développement de la route et du rail en respectant la politique suisse des transports modal du premier vers le second. Toujours pour faire face à l’initiative, le Conseil fédéral proposait qu’un second article constitutionnel soit inséré dans le projet de la nouvelle péréquation financière avec les cantons, donnant à la Confédération une responsabilité en matière de trafic d’agglomération. Sans attendre la portée de cette proposition, le Conseil fédéral a pris deux mesures à court terme. Le crédit alloué aux entreprises de transport régional et local passera de 130 à 170 millions dès 2002, afin de leur permettre de faire face aux investissements les plus importants. Les projets des transports publics en agglomération seront, d’autre part, pris en compte dans la deuxième étape de Rail 2000, ainsi que dans la convention sur les prestations 2003-2006 conclue avec les CFF. Il est à noter que sur la question du percement du Gothard, l’étude de l’Office fédéral des routes (OFROU), commandée par la sous-commission des transports du Conseil national pour l’application de l’initiative Giezendanner, aboutissait à un résultat totalement opposé de la simulation prise en compte par le Conseil fédéral. Les mesures prônées par la sous-commission l’étaient par conséquent aussi (voir infra). Afin de pouvoir lancer une consultation et rédiger un message pour le Conseil national, la sous-commission a décidé de ne pas intégrer l’initiative parlementaire dans le débat à venir sur l’initiative Avanti. Elle préférait distinguer les deux textes afin que le peuple puisse en priorité se prononcer sur le principe de la construction d’un deuxième tunnel routier au Gothard (initiative Giezendanner). Bien qu’il n’ait pas à intervenir à ce stade de la procédure, Moritz Leuenberger a approuvé le choix de la sous-commission [18].

Seul le PS a manifesté son soutien à l’encontre du Conseil fédéral face à l’initiative Avanti. L’UDC souhaitait clairement le deuxième tunnel routier sous le Gothard et appuyait l’initiative. Le PRD était également favorable au Gothard bis, mais refusait l’idée d’un vote séparé proposé par la sous-commission du Conseil national. Quant au PDC, il demandait au Conseil fédéral d’examiner la compatibilité entre le second tube routier et l’article sur la protection des Alpes [19].