Utilisant l’indice zurichois de la construction, la Délégation des Chambres fédérales et l’OFT ont chacun publié en début d’année un rapport sur les NFLA. Ils constataient que celles-ci allaient entraîner des coûts supplémentaires bien plus importants que prévus et ont mis en évidence le retard pris par le Gothard (voir infra). Avec l’introduction de la nouvelle méthode de calcul du renchérissement des NFLA, les chiffres ont pu être affinés : le crédit global atteindra 14,7 milliards de francs. Celui de 1998 devait en conséquence être rallongé de 2,1 milliards : 1,3 milliards au titre de correction de l’indice et 0,8 milliard pour tenir compte du renchérissement effectif survenu entre 1991 et 1998. Les solutions de financement revenaient au Conseil fédéral; en effet le parlement l’a autorisé à recourir à des crédits supplémentaires, de manière à ce qu’il finance les renchérissements, les intérêts intercalaires et la TVA, ne faisant pas partie du crédit global. Des réserves de 15% (1,7 milliards de francs) avaient bien été comprises dans le crédit global pour les modifications de projet. Toutefois, celles-ci ne pouvaient être d’aucune utilité, car elles avaient pour l’heure déjà coûté près de 520 millions. La facture a été encore revue deux fois à la hausse, premièrement suite à la décision définitive de munir le tunnel du Monte Ceneri (TI) de deux tubes à voie unique. Le percement de ce tunnel appartenait à la deuxième phase du projet des NLFA. La modification coûtera 490 millions de francs de plus que prévu, soit avec le nouvel indice, 1,8 milliards en tout. Le Conseil fédéral justifiait cette solution pour des impératifs de sécurité. La seconde augmentation est due à la décision du DETEC de construire un deuxième tube entre Frutigen et Wengi-Ey (BE). Les coûts supplémentaires se limiteront à 17 millions pour autant que l’ouvrage soit réalisé selon la planification. Initialement, le DETEC avait décidé de réduire le projet à un seul tube afin d’économiser 50 millions. Dans l’intervalle, les prix ont baissé à 17 millions, d’où la volte-face du Département fédéral. En fin d’année, l’OFT a apporté de nouvelles précisions financières sur le chantier du Gothard : la section de Sedrun, passage clé du futur tunnel de base, a connu d’importants surcoûts; faisant augmenter la facture de 58% pour la porter à 735 millions de francs. La conséquence de ce dépassement sera d’entraîner dès 2006 un gel des travaux de la seconde étape de Rail 2000 (voir infra). En effet, durant la période 2005-2008, celle où les travaux des NLFA seront les plus importants, la Confédération aura besoin de la totalité des 4,2 milliards de francs du Fonds pour les grands projets [27].

Le Conseil fédéral a mis à l’enquête la "variante plaine" dans le cadre du tracé des NLFA à Uri. Il n’en a pas fait de même avec la "variante montagne", car pour lui l’option plaine primait et il voulait aller de l’avant afin de tenir les délais. Un commencement rapide des travaux entre Altdorf et Erstfeld était crucial pour respecter les délais de la réalisation du tunnel de base du Gothard. Or, le risque d’un retard de deux ans, à cause de la longueur de la procédure dans le canton d’Uri, planait sur la mise en service des NLFA, prévue pour 2010-2011. La réponse des uranais (citoyens, communes, organisations de protection de l’environnement, associations et canton) à la variante plaine s’est soldée par 900 oppositions. Ces derniers ont réaffirmé leur préférence pour la variante montagne, à savoir un passage intégral ou partiel dans la montagne. Le tracé mis à l’enquête entre le tunnel de l’Axen à Flüelen et le portail du futur tunnel de base (au nord d’Erstfeld) prévoit de traverser Uri à l’air libre sur six ou sept kilomètres. La digue où circuleront les trains rapides sera beaucoup plus élevée que l’actuelle, atteignant six mètres de haut (plus de deux mètres de parois antibruit). Près d’Erstfeld, la plate-forme s’élargira de 60 mètres, car on y installera des voies d’attente où les futurs longs convois de marchandises (1,5 km) céderont la place aux trains voyageurs. La variante montagne a reçu un appui inattendu sous la forme des résultats d’une étude commandée par la Confédération. Ceux-ci estimaient les variantes partiellement ou entièrement souterraines (dans la montagne) comme "techniquement réalisables". Toutefois, les experts reconnaissaient qu’aucune conclusion définitive ne pouvait être tirée quant à la variante idéale et, que si ce tracé réduisait les nuisances, son financement coûterait entre 550 et 700 millions de plus que la variante plaine. Sur base de ces résultats, la commission des transports du National a demandé au Conseil fédéral d’étudier l’intégration de ce tronçon dans le plan sectoriel. Le gouvernement pouvait encore le faire, car le financement du projet devait encore passer devant le parlement. Pendant ce temps, Peter Föhn (udc, SZ) a retiré son initiative parlementaire intitulée "Tracé de la NLFA dans le canton d’Uri. Variante montagne". A la lumière de ce rapport et des oppositions lors de la mise à l’enquête, le Conseil fédéral a annoncé qu’il allait en tenir compte comme base de décision pour la suite des travaux [28].

La Confédération a conclu une convention avec les chemins de fer BT, SOB et CFF sur les aménagements de la ligne Saint-Gall-Arth/Goldau. Ceux-ci doivent être réalisés dans le cadre du raccordement de la Suisse orientale à la nouvelle ligne ferroviaire alpine du St Gothard [29].

Le 11 juin, la "chaussée roulante" reliant Fribourg-en-Brisgau (D) à Novare (I) a été inaugurée. La ligne est gérée par la société Ralpin SA, qui partage son capital à raison de 30% entre les CFF Cargo SA, le BLS et Hupac (transporteur). Les 10% restants reviennent aux chemins de fer italiens FS. Au Lötschberg, le corridor de ferroutage a été aménagé de façon à pouvoir charger les camions de 40 tonnes. Il était prévu que dix trains circulent chaque jour : à cause des travaux sur le tronçon Iselle-Varzo, la société a dû se contenter de cinq trains journaliers dans les deux sens. Dès 2002, les courses seront multipliées et un objectif de 105 000 camions transportés par an est fixé [30].

Les CFF ont décidé de remodeler et de moderniser 620 gares ferroviaires et points d’arrêt. Estimée à 340 millions de francs, soit un demi-million par station, cette opération, qui durera 5 ans, a comme ambition de remplacer les bâtiments hétérogènes par des lieux fonctionnels, dotés d’un mobilier standardisé, ainsi que d’équipements de vente et d’information. La halte la plus simple comprendra le "Railbeam", deux parois de verre et en métal surmontées d’une toiture. Elle sera équipée d’un panneau d’information comprenant les horaires, les transports locaux et un plan de la localité, d’un automate à billets et d’un écran donnant des informations en temps réel sur la circulation des trains et les retards. Durant l’année en cours, 220 stations ont été mises en chantier, en particulier sur la ligne Berne-Lausanne. Les 370 points d’arrêt restants seront mis réaménagés d’ici à 2006. Les bâtiments, dont l’occupation n’est plus nécessaire, seront désaffectés. Si une nouvelle utilisation n’est pas trouvée, les CFF prévoient même leur destruction en faveur d’abris à vélos ou de places de stationnement [31].

L’UBS ayant refusé de racheter le contrat de projet à ses promoteurs, les CFF ont annoncé qu’ils renonçaient à conclure le contrat nécessaire en vue de la construction du complexe Eurogate à Zurich. Le complexe, prévu au-dessus des voies de la gare, devait s’étendre sur 242 000 m2 et offrir des bureaux pour 5000 personnes, 500 appartements, un hôtel et un centre de congrès. La nouvelle gare traversante souterraine de Zurich a eu par contre plus de succès. Après son approbation par le parlement zurichois, les citoyens zurichois ont à une écrasante majorité de voix accepté en septembre l’investissement de 580 millions de francs destiné à sa construction. Le projet était devisé à 1,45 milliards de francs. Le reste sera prix en charge par les CFF et peut être la Confédération. Cette nouvelle gare améliorera la situation actuelle, car les voies finissent en cul-de-sac pour le trafic en transit. Seul le RER dispose d’une gare traversante en sous-sol. Le nouveau projet ajoute quatre voies souterraines prolongées par un tunnel sous la Limmat, reliant le centre à Oerlikon, au nord-est. Ainsi, des trains venant de Berne, Bienne ou Bâle pourront continuer en direction de Kloten et Winterthour sans rebroussement [32].