La seconde étape de Rail 2000 a excité les appétits. Les différents acteurs ont chacun cherché à vendre leur projet auprès de l’OFT : Neuchâtel aimerait bien relier la Chaux-de-Fonds par un métro, le Tessin zieute sur une voie rapide avec Milan, la Suisse centrale défend son S-Bahn, les cantons du nord-ouest (BS, BL, AG, SO et JU) voudraient développer leur nœud ferroviaire. Dans ce contexte, les CFF se sont prononcés en faveur la réalisation du tronçon de 24 kilomètres entre Liestal et Aarau, dont la construction du tunnel du Wisen. Ils ont également développé un vaste projet prévoyant des réductions de temps de parcours considérables, un étoffement du trafic ferroviaire et la mise en place de systèmes RER dans toute la Suisse. A la lumière des demandes de cantons et de chemins de fer qui sont arrivées à l’OFT, les besoins d’investissements se montaient à 40 milliards de francs, soit quatre fois plus que les moyens à disposition. Le crédit proprement dit de Rail 2000 est de 5,9 milliards (votation de 1998 sur le financement des transports publics). A cela, il faut ajouter les fonds résiduels de la première étape de Rail 2000 (1 à 2 milliards), les fonds réservés aux raccordements au trafic à grande vitesse (1,2 milliards), les ressources du budget ordinaire (1,5 à 2,5 milliards, notamment au titre de la convention sur les prestations et du plafond de dépenses accordées aux CFF par la Confédération). Afin de baisser les prétentions et les optimiser, l’OFT a mis en place dès août des auditions. L’enveloppe budgétaire devait toutefois être revue à la baisse à cause des surcoûts du chantier de Sedrun dans le cadre de la construction du tunnel du Gothard (voir supra). Les dépassements de la facture bloqueront les crédits pour la deuxième étape de Rail 2000 (2005-2008). Pendant cette période, la totalité du Fonds pour les grands projets ferroviaire sera consacré au NLFA. La seconde étape de Rail 2000 sera donc redimensionnée à 5,9 milliards et devra être adaptée durant cette période de ralentissement [33].

La première étape de Rail 2000 devrait coûter moins cher que prévu. Les CFF ont annoncé qu’ils allaient économiser 1,5 milliards de francs, soit 20% du budget prévu pour la première étape (7,4 milliards). Pour expliquer ce "miracle", les CFF et l’OFT mettaient en avant les progrès technologiques dans le domaine des équipements ferroviaires, la baisse des coûts de construction depuis la crise, le contrôle des chantiers et une économie lors du passage de l’ICHA à la TVA. La première étape n’est pas encore terminée, mais plusieurs ouvrages ont été mis en service durant l’année sous revue : sur la rive nord du lac de Neuchâtel les 10,5 km entre Onnens et Gorgier, dont la galerie couverte de Concise et le tunnel à Vauderens entre Lausanne et Fribourg. Ce dernier a ouvert le passage aux voitures Intercity à deux niveaux. Les travaux ont aussi permis l’accélération des trajets entre Genève et Zurich. Tous les moyens sont désormais concentrés sur la construction des 45 kilomètres du tronçon Mattstetten-Rothrist (BE-AG). Trois autres infrastructures devraient se réaliser d’ici à 2004, date de fin des travaux : il s’agit de la troisième voie entre Genève et Coppet, du tunnel de Zurich-Thalwil et l’agrandissement de la gare de Zurich [34].

En début d’année, Genève a présenté son réseau express régional (RER). Il espère le mettre en fonction pour 2007. Cette nouvelle offre ferroviaire desservira un vaste espace transfrontalier, dans un rayon d’une trentaine de kilomètres autour de Genève. Gland (VD), Bellegarde, Bonneville et Thonon (F) en constitueront les points d’ancrage extérieurs. L’étendard du nouveau système de transports sera formé de la nouvelle liaison entre la Praille et les Eaux-Vivres. C’est dans ce contexte que l’Etat de Genève a plaidé en faveur d’une application rapide d’une Convention signée le 7 mai 1912. Ce texte prévoyait que le raccordement ferroviaire entre Cornavin et la frontière d’Annemasse soit financé par l’Etat de Genève, la Confédération et les CFF à hauteur d’un tiers chacun. Son but inhérent était de désenclaver Genève en le raccordant au réseau français de Haute-Savoie. La commission des transports du Conseil des Etats a reconnu que l’accord de 1912 était encore valable et l’a transmis sous forme de motion chargeant la Confédération d’honorer les engagements pris. Les Etats l’ont adopté sans opposition, la préférant à une initiative cantonale genevoise. Suivant sa commission des transports, le Conseil national a fait de même en plébiscitant cette motion. Le Conseil fédéral a reconnu la pertinence de la motion et, à l’aune des estimations, il prendra 550 millions de francs à sa charge. Quant à la part cantonale de 400 millions, elle représentera un peu plus du tiers du devis, car certains aménagements n’étaient pas couverts par l’accord du début du siècle [35].

Comme deuxième chambre, le Conseil national a lui aussi ratifié la convention de Bâle de 1999 entre la Suisse et l’Italie sur la liaison des voies ferrées. Il en a fait de même avec la convention bilatérale avec la France, donnant par la même occasion le coup d’envoi du raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau ferroviaire européen à grande vitesse, conformément aux promesses faites en 1998 lors de la votation sur la modernisation du rail. Pour arriver à ses fins, la Suisse a admis une entorse au principe de territorialité : elle paiera une partie des travaux entrepris sur sol français. En effet, la majorité doit être effectuée en France, mais ce sont les Suisses qui en profiteront le plus. En revanche, la Confédération a refusé de participer au financement de travaux entrepris en Italie ou en Allemagne [36].

Les Chambres ont accepté le protocole de Vilnius du 3 juin 1999 portant modification de la Convention relative aux transports internationaux ferroviaires (COTIF) du 9 mai 1980. La révision du droit international applicable en la matière a été rendue nécessaire par la réforme des chemins de fer, qui a ouvert le marché et donc sensiblement modifié, dans de nombreux Etats contractants, les bases du droit et de l’organisation des chemins de fer. Le protocole de Vilnius a élargi les attributions de l’Organisation intergouvernementale pour les transports internationaux ferroviaire (OFIT), qui, à l’avenir, s’occupera de pratiquement toutes les questions qui surgissent dans le trafic ferroviaire international et qui doivent être réglées au niveau des Etats; elle sera aussi appelée à contribuer à l’interopérabilité et à l’harmonisation du secteur ferroviaire en déclarant obligatoires les normes techniques et en oeuvrant à l’uniformisation des règles techniques applicables. Les bases juridiques nécessaires à cette fin ont été définies dans la COTIF, qui comprend sept appendices. Divers aspects du droit ferroviaire international y sont réglés, tels que le transport international des voyageurs et des marchandises, en particulier celui des marchandises dangereuses, ou l’utilisation de wagons dans le trafic international [37].

Après négociations, les six cantons de Suisse centrale (UR, SW, NW, OW, LU et ZG) se sont accordés pour réaliser leur réseau RER – S-Bahn Zentralschweiz. La création se fera en deux phases : d’abord la mise en place de deux réseaux autour de Zoug et Lucerne, puis une fusion des deux en un seul réseau. Vingt-quatre nouvelles stations, neuf dans l’agglomération de Lucerne, dix dans les alentours de la gare principale de Zoug vont être construites et 60 trains supplémentaires devraient être introduits. Une partie du projet est déjà accomplie : les premiers éléments du nouveau S-Bahn rouleront dès 2002 au Seetal. Les coûts sont estimés à 190 millions de francs, dont 70 millions pour le souverain zougois et 105 millions pour celui lucernois [38].