Les CFF n’auront pas besoin de rembourser à la Confédération deux prêts d’un montant total de 1,9 milliards de francs. Le Conseil fédéral a renoncé à leur remboursement pour leur permettre de constituer des provisions dans le domaine de l’énergie et pour la compensation du renchérissement versée aux anciens rentiers [44].

Les CFF ont fait face à un manque de personnel. A mi-juin, 700 postes n’étaient pas repourvus, ce qui représentait un sous-effectif de 2%. Pour essayer de combler ce "trou", l’ex-régie a approché des entreprises ferroviaires européennes (DB, SNCF, RENFE, Vorarlberg). Le succès n’a pas été au rendez-vous. Le programme "Chance" – qui assure une nouvelle formation ou un perfectionnement aux employés menacés de licenciements afin qu’ils puissent trouver une nouvelle activité dans l’entreprise –, n’a pas permis non plus de pallier à la crise des effectifs. Devant cette pénurie, l’entreprise de transport a lancé une nouvelle conception de formation, baptisée "Log-in", qui se présente sous la forme d’un organe indépendant, dont le BLS est partie prenante [45].

En fin d’année, les négociations salariales ont abouti à un accord entre les syndicats et la direction générale des CFF. Dans un premier temps, les syndicats réclamaient une augmentation de 5% du salaire : 2% pour la compensation du renchérissement et 3% de hausse réelle. La contre-proposition des CFF a été une augmentation de la masse salariale de 3,3% pour un coût de 72,5 millions de francs, réparti en une augmentation générale de 1%, une compensation unique pour les efforts consentis de 1% et un solde consistant en bonus individuel et en compensations de mesures antérieures. L’accord final entre les deux parties portait sur une augmentation de 1% et une prime de 1000 francs pour tous les employés. Au total, la masse salariale a été augmentée de 3,6% [46].

Les CFF ont enregistré un bénéfice de 314,1 millions de francs (+124,5%). Cette forte croissance est due notamment à la vente d’une partie de leur participation dans Sunrise (118 millions). Elle provient également de la liquidation de 101 millions de réserves constituées dans la perspective de créer une société commune pour les transports des marchandises avec l’italienne FS Cargo. Les produits d’exploitation ont atteint 6,031 milliards de francs (+1,5%) et les charges 5,785 milliards (+2,9%). Le résultat d’exploitation du groupe a enregistré, avec 245,7 milliards de francs, un recul de 23,6%. Une hausse des amortissements et une augmentation des charges liées au matériel expliquent l’augmentation de 2,9% des charges. Avec 80,1 millions de francs de recettes, 2001 a été une année record pour le trafic voyageurs. Pour la première fois, la barre des 300 millions de voyageurs (+6,1%) a été franchie. La situation du trafic des marchandises a été nettement moins réjouissante; les CFF y ont essuyé une perte de 68 millions de francs (+17,9%). L’ex-régie s’est fixée l’objectif de parvenir à un résultat bénéficiaire pour le trafic des marchandises d’ici à 2005 au plus tard, et de doubler le trafic marchandises à travers les Alpes dans les dix prochaines années. Autre ombre au tableau : l’indice de satisfaction a été jugé insatisfaisant par le personnel [47].