La Confédération a reconduit les concessions de cinquante ans aux aéroports de Zurich et de Genève. Sans la remettre en question, mais tenant tout de même compte des revendications des riverains suisses et français, le renouvellement de la concession genevoise requérait un règlement qui démontre la conformité environnementale de l’exploitation. A Zurich, le renouvellement était acquis, mais lié au destin de l’accord avec l’Allemagne sur le survol de son territoire (voir infra). L’aéroport civil de Sion a aussi obtenu un renouvellement de sa concession d’exploitation pour les 30 prochaines années. Bien que l’OFAC ait approuvé le règlement d’exploitation, il a exigé des exploitants qu’ils s’engagent à contrôler les émissions sonores et qu’ils prennent des mesures pour mieux protéger l’environnement. Après cinq ans, ceux-ci devront notamment effectuer un contrôle de l’efficacité des mesures prises en matière de protection des eaux, du paysage et de l’air. L’aérodrome militaire de Sion a vu sa demande d’octroi d’allégement sonore refusée par le DDPS. Ce dernier constatait que le cadastre du bruit ne correspondait pas à la réalité et l’a contraint à proposer des mesures avant le 30 juin 2002 [81].

Après l’impasse de décembre 2000, la Suisse et l’Allemagne ont réussi à esquisser les contours d’un compromis sur les vols en provenance et en destination de Zurich, qui survolent le territoire allemand. Sous la menace d’une ordonnance par laquelle l’Allemagne aurait fixé unilatéralement les conditions de survol de son territoire, Moritz Leuenberger a dû lâcher beaucoup de lest. Dès la ratification du traité, l’interdiction des vols sera étendue de deux heures; à partir du 1er septembre, plus aucun avion en phase d’atterrissage ne pourra survoler la région frontière allemande entre 22 heures et 6 heures du matin. Avec l’entrée en vigueur de l’horaire d’été 2002, ces vols seront également interdits les jours fériés et les week-ends de 20h à 9h. En outre, les deux parties se sont mises d’accord pour réduire à 100 000 par an le nombre d’avions passant au-dessus du sud de l’Allemagne (réduction de 35%). Berlin et Berne se donnaient 41 mois après la signature officielle pour y arriver. Une clause prévoyait de revoir après huit ans l’ensemble des dispositions à la lumière de l’évolution du trafic et des nuisances sonores qui en découlent. Alors que le Conseil fédéral s’était félicité de la tournure politique des événements, les trois partis gouvernementaux bourgeois refusaient de ratifier l’accord [82].

Si les conditions de restrictions du survol de l’espace aérien étaient acceptées par l’Allemagne et la Suisse, les conditions d’application du nouveau régime faisaient l’objet d’un âpre débat. Les négociateurs butaient sur la mise en œuvre des réductions de vols, l’indemnisation des riverains allemands, ainsi le caractère juridique de l’accord. Sur ce dernier point, la Suisse souhaitait obtenir l’assurance que l’accord sur Kloten ne s’appliquera que subsidiairement à des dispositions découlant d’accords existants ou à venir conclu entre la Suisse et l’UE. La Confédération a en plus concédé d’augmenter le nombre de zones d’attentes au-dessus de son propre territoire. Au terme du treizième round, Moritz Leuenberger et son homologue Kurt Bodewig ont réussi à éliminer leurs dernières divergences. La réduction des survols entre 2001 et 2005 ne se fera pas par étapes comme le désirait l’Allemagne. Ainsi, pendant la période transitoire de 41 mois, le nombre de survols pourra rester constant, c’est-à-dire au niveau mesuré de 154 000. Le droit suisse sera déterminant pour l’indemnisation des riverains allemands incommodés par le bruit des avions utilisant l’aéroport de Zurich. Concernant la subordination du traité au droit européen et aux accords bilatéraux, Berlin a accepté de se plier au verdict de la Commission européenne que consultera Moritz Leuenberger. Pour le reste, l’accord restait fidèle au compromis trouvé en avril à Berlin [83].

La Commission européenne a précisé attendre la mise en œuvre de l’accord pour juger si le droit européen est prétérité. Les partis gouvernementaux bourgeois ont manifesté leur mécontentement, alors que le PS réitérait son soutien au Conseil fédéral. Dans les faits, cela c’est traduit par la défiance du Conseil des Etats envers le gouvernement. Par 25 voix contre 5, les sénateurs lui ont demandé, via une recommandation de Schweiger (prd, ZG), d’organiser une vaste consultation avant de signer l’accord aérien. Les sénateurs espéraient suspendre la signature du gouvernement jusqu’à l’entrée en vigueur des accords bilatéraux avec l’UE. Cette recommandation ne l’engageant à rien, le Conseil fédéral a autorisé le DETEC à ratifier l’accord aérien avec l’Allemagne. Le 18 octobre, après trois ans de négociations, l’Allemagne et la Suisse ont signé l’accord aérien bilatéral. Ce dernier est entré immédiatement en vigueur. La ratification par le parlement a été agendée à 2002. Tant pour Unique Airport, société concessionnaire de l’aéroport international de Kloten, que pour Swissair/Crossair et les cantons riverains (Thurgovie, Schaffhouse, Argovie et Zurich), le plus dur restait à venir. L’ensemble des acteurs est appelé à coopérer autour d’une "table ronde" instituée par la Confédération. Il s’agira d’élaborer un nouveau concept d’exploitation de l’aéroport zurichois, qui tienne compte du transfert en Suisse de 50 000 vols sur les 154 000 passant au-dessus de l’Allemagne, mais aussi qui assainisse les griefs liés au renouvellement de la concession de l’aéroport par l’OFAC [84].