In den Wahlen vom Herbst beabsichtigte die CVP, ihre absolute Mehrheit in der 5-köpfigen Regierung zu verteidigen. Neben den Regierungsräten Jean-François Roth und Gérald Schaller schickte sie Kantonalpräsident Charles Juillard, Madeleine Amgwerd und Vincent Gigandet ins Rennen, welche den Sitz von Pierre Kohler verteidigen sollten; dieser hatte überraschend auf eine weitere Amtsperiode verzichtet. Die SP trat mit Regierungsrat Claude Hêche, Ständerat und Stadtpräsident von Delémont Pierre-Alain Gentil und Co-Kantonalpräsidentin Elisabeth Baume-Schneider an. Für die FDP kandidierten Regierungsrätin Anita Rion, Alt-Nationalrat und Kantonsparlamentarier Alain Schweingruber und Martine Rossier. Die CSP, die seit der Kantonsgründung 1978 bis 1993 in der Regierung vertreten gewesen war, versuchte mit der Kandidatur von Kantonsparlamentarier Laurent Schaffter, in die Exekutive zurückzukehren. Im ersten Wahlgang vom 20. Oktober erreichte keiner der Kandidierenden das absolute Mehr. An der Spitze lagen die drei Bisherigen Jean-François Roth (cvp), Claude Hêche (sp) und Gérald Schaller (cvp), darauf folgten die Sozialdemokratin Elisabeth Baume-Schneider, der Christdemokrat Charles Juillard und der Christlichsoziale Laurent Schaffter. Die freisinnige Regierungsrätin Anita Rion musste sich mit dem siebten Rang begnügen. Um die Chancen der Bürgerlichen für den zweiten Wahlgang vom 10. November zu verbessern, ging die ehemals separatistische CVP erstmals eine Allianz mit der ehemals antiseparatistischen FDP ein. Das Resultat fiel überraschend aus: Das beste Ergebnis erzielte mit 48,8% der Stimmen der Sozialdemokrat Claude Hêche; er verwies die Christlichdemokraten auf die Ehrenplätze (Jean-François Roth: 43,8%; Gérald Schaller: 42,6%). Auf dem vierten und fünften Rang folgten die Neuen Elisabeth Baume-Schneider (sp) mit 41,4% und der Christlichsoziale Laurent Schaffter (39,5%), der sowohl den dritten CVP-Vertreter Charles Juillard als auch die Bisherige Anita Rion (fdp) überholte. Damit verlor die CVP ihre absolute Mehrheit und die von ihr offiziell unterstützte FDP ihren einzigen Regierungssitz. Die SP hingegen gewann ein zweites Mandat hinzu, und die Christlichsozialen eroberten ihren 1994 verlorenen Sitz wieder zurück. Erstmals stellt somit die Linke die Mehrheit in der jurassischen Regierung [12].