Im März wählten Zürcherinnen und Zürcher die 9-köpfige Regierung und das Parlament neu. Stadtpräsident Josef Estermann (sp) und die beiden Amtsältesten Willy Küng (csp, Stadtrat seit 1982) und Thomas Wagner (fdp, Stadtrat seit 1978) traten nicht mehr für eine weitere Amtsperiode an. Im ersten Wahlgang vom 3. März wurden alle sechs Bisherigen wieder gewählt: Elmar Ledergerber (sp) erzielte das beste Ergebnis, gefolgt von Monika Weber (parteilos), Esther Maurer (sp), Robert Neukomm (sp), Monika Stocker (gp) und Kathrin Martelli (fdp). Neu gewählt wurden Martin Waser (sp) und Martin Vollenwyder (fdp). Für den neunten Platz wurde ein zweiter Wahlgang nötig, was seit den dreissiger Jahren nicht mehr vorgekommen war; dieser fand am 5. Mai statt. Neben dem Freisinnigen Andres Türler, der im ersten Wahlgang den neunten Platz erreicht hatte, bewarben sich Rolf André Siegenthaler (svp), Thomas Kappeler (cvp) und Katharina Prelicz (gp). Prelicz, die zum ersten Wahlgang nicht angetreten war, verstand sich als linke und grüne Alternative zur bürgerlichen Männerauswahl und hoffte auf Stimmen aus der SP. Deren Delegiertenversammlung verweigerte ihr jedoch die Unterstützung und verzichtete auf eine Wahlempfehlung. SP-Exponenten wie der abtretende Stadtpräsident Josef Estermann, Parteipräsident Koni Loepfe oder der ehemalige Fraktionschef Werner Sieg empfahlen zudem ausdrücklich den Freisinnigen Andres Türler zur Wahl – zwecks Fortsetzung der so genannten, in einzelnen Sachfragen wirksamen "Koalition der Vernunft". Türler machte denn auch das Rennen, vor Siegenthaler (svp), Prelicz (gp) und Kappeler (cvp). Damit konnte die FDP einen Sitz (der bisher vom CSP-Vertreter Küng gehalten wurde) gewinnen, und die SVP ist seit nunmehr zwölf Jahren nicht mehr im nach wie vor mehrheitlich rot-grünen Stadtrat (4 SP, 3 FDP, 1 GP, 1 Parteilos) vertreten.

Den Wahlkampf für das Amt des Stadtpräsidenten eröffnete die SP-Leitung bereits im Februar, indem sie den krankheitsbedingten Verzicht Josef Estermanns auf eine vierte Amtsperiode als Stadtpräsident und gleichzeitig die Kandidatur Elmar Ledergerbers für seine Nachfolge bekannt gab. Neben Ledergerber bewarben sich Rolf André Siegenthaler (svp), Monika Stocker (gp) und Martin Vollenwyder (fdp). Ledergerber erhielt mit Abstand am meisten Stimmen, blieb aber wegen der Aufteilung der rot-grünen Wählerschaft rund 6000 Stimmen unter dem absoluten Mehr. Die Grüne Monika Stocker erzielte weniger als die Hälfte der Stimmen von Ledergerber, schnitt aber leicht besser ab als der SVP-Kandidat Siegenthaler, der vor dem Freisinnigen Vollenwyder lag. Für den zweiten Wahlgang zogen Stocker (gp) und Vollenwyder (fdp) ihre Kandidaturen zurück. Elmar Ledergerber gewann die Wahl; er erzielte dreimal mehr Stimmen als Rolf André Siegenthaler (svp) [20].

Bei der Wahl in den 125-köpfigen Gemeinderat ging die SVP als Siegerin hervor. Sie wurde mit fünf Sitzgewinnen zur stärksten bürgerlichen Kraft (31). Insgesamt aber kam es nicht zu grossen Verschiebungen der politischen Blöcke, da die Gewinne der SVP zulasten der FDP (20) gingen, die sechs Verluste zu verkraften hatte. Der so genannte Bürgerblock aus SVP, FDP, CVP (9 Sitze, +1), EVP (2 Sitze, +1) sowie dem Vertreter der Seniorenliste verfügt im Rat mit 63 von 125 Mandaten zwar über eine knappe Mehrheit. In der Vergangenheit hatte sich jedoch gezeigt, dass dies nicht immer von Bedeutung sein muss, da sich die FDP und die CVP in Einzelfällen zusammen mit der SP zur so genannten "Koalition der Vernunft" formiert hatten. Bei der Linken konnte die SP ihre Sitzzahl (49) halten, die Grünen legten drei Sitze (10) und die Alternative Liste (3) einen Sitz zu. Nicht mehr vertreten sind die Schweizer Demokraten, der LdU und die FraP (Frauen macht Politik); letztere hatten 1990 mit drei Frauen erstmals den Sprung in den Gemeinderat geschafft und 1994 das Maximum von 5 Sitzen erreicht. Die Zahl der Frauen blieb bei 46 konstant, was einem Anteil von 36,8% entspricht [21].