Le système de protection de la population, qui consiste en une coordination de l’action de cinq types d’organisations partenaires (police, sapeurs-pompiers, santé publique, services techniques comme l’eau ou l’électricité et protection civile), a été réformé parallèlement à l’armée. Se basant sur le rapport sur la politique de sécurité de 1999, le gouvernement a estimé que les changements géostratégiques des années 90 avaient rendu la perspective d’une guerre improbable. Le nouveau système a, par conséquent, été conçu pour gérer des catastrophes ou des situations d’urgence. Dans un premier temps, les deux chambres ont accepté, sans trop de discussions, le Plan directeur de la protection de la population définissant les grands axes de la réforme. Bien que déplorée par la gauche, qui a invoqué la tendance européenne, l’obligation de servir a été confirmée, de même que l’obligation de construire des abris de protection civile, contestée par la socialiste bernoise Simonetta Sommaruga. L’obligation de payer des indemnités pour utiliser les abris publics a été maintenue. Cette redéfinition des priorités n’a pas été aussi controversée que la réforme de l’armée, malgré l’apparition de divergences mineures entre les deux chambres. Au final, les principaux changements concernaient la baisse des effectifs (de 280 000 à 120 000 hommes que l’on pourrait augmenter en cas de conflit armé), une durée du service obligatoire plus courte (de 50 ans à 40 ans), la libération de militaires ayant déjà accompli leur service, un recrutement centralisé commun avec l’armée de 2 à 3 jours (sans que les conscrits puissent cependant choisir), une instruction de base de 2 à 3 semaines (au lieu de 5 jours). La loi sur la protection de la population et sur la protection civile (LPPCi), a été acceptée en votation finale à l’unanimité par la chambre haute (44 voix). Au national, 156 conseillers nationaux ont soutenu la réforme, un parlementaire s’y est opposé et 26 se sont abstenus, essentiellement des socialistes et des verts. C’est à fin novembre qu’un comité bourgeois, dont certains membres appartenaient aussi à celui contre la réforme de l’armée, a annoncé le lancement d’un référendum contre la loi. Il estimait notamment que cette nouvelle réglementation ne répondait pas aux menaces actuelles pesant sur la population. Les attentats de New York du 11 septembre 2001 auraient notamment montré que le risque de conflit armé existait et qu’aux guerres conventionnelles, aux dangers du terrorisme, aux catastrophes s’ajoutaient désormais le risque d’attaques biologiques et l’utilisation de l’arme nucléaire dans certaines régions du globe [32].