Le Conseil fédéral a rendu la version définitive de son contre-projet à l'initiative Avanti. Les éléments de l'ébauche esquissée en 2001 ont été repris intégralement. L'accent a été mis sur les problèmes posés par les trafics privé et public aux abords des grandes villes, ainsi que sur des dispositions permettant d'augmenter la capacité autoroutière sur les tronçons les plus encombrés de l'A1 entre Genève et Lausanne d'un côté, et entre Berne et Zurich de l'autre. Sur ce dernier point, le Conseil fédéral donnait raison aux initiants. Le contre-projet rejetait la construction d'une nouvelle galerie routière au Gothard. Elle contrevenait à l'article constitutionnel sur la protection des Alpes, adopté en votation populaire en 1994. De plus, aux yeux du Conseil fédéral, celle-ci mettait en péril la rentabilité des NLFA et affaiblissait le transfert du transit alpin sur le rail. Les dispositions transitoires du contre-projet précisaient en outre que le Conseil fédéral présentera un an après l'acceptation de ce nouvel article constitutionnel, un programme destiné à accroître la capacité du réseau des routes nationales et à améliorer la fluidité du trafic dans les zones urbaines. Le programme sera conçu de manière à ce que les projets urgents puissent être mis à l'enquête publique au plus tard huit ans après l'acceptation dudit article. Les principaux problèmes de circulation se posaient dans les agglomérations de Bâle, Berne, Genève, Lausanne, Lucerne, Lugano, Saint-Gall, Winterthour et Zurich, ainsi que sur certains tronçons de l'axe est-ouest du réseau des routes nationales. Les tronçons critiques seront examinés de concert avec les cantons. Ensuite, il s'agira de décider dans quelle mesure les problèmes seront résolus par des investissements en faveur du rail ou de la route. Le financement de ces mesures dépendra du sort réservé à la modification constitutionnelle présentée dans le cadre de la réforme de la péréquation financière et de la répartition des tâches entre la Confédération et les cantons (voir supra, part. I, 1d). Elle permettrait d'investir les recettes du produit de l'impôt sur les huiles minérales et de la vignette autoroutière dans les projets ferroviaires et routiers dans les agglomérations [15].

Se penchant sur l'initiative Avanti, la CTT-CN a proposé au terme d'un vote serré (14 à 11) un contre-projet qui englobait toutes les revendications d'Avanti (doublement du Gothard et extension à six pistes de l'A1) et allait même plus loin que le texte des milieux routiers. Les membres de la commission y ont en effet intégré le financement du trafic dans les villes et dans les agglomérations que le gouvernement proposait en charge. Et en prime, ils ont ajouté la création d'un fonds routier juridiquement autonome. Celui-ci serait financé par le transfert des recettes des taxes sur les carburants – 3,7 milliards de francs étaient à disposition. Le fonds, limité dans le temps, et ne serait pas soumis au principe du frein à l'endettement. L'idée d'un tel fonds était d'assurer un financement aux travaux prévus. Concernant l'initiative des Alpes, la commission maintenait le texte, mais une exception était faite à l'interdiction d'augmenter la capacité des routes alpines de transit: elle touchait la construction de voies de circulation supplémentaires entre Erstfeld et Airolo (Gothard). Réagissant, la gauche et les associations environnementales ont fait part de leur opposition. Kaspar Villiger en a fait de même quant à un éventuel transfert des taxes de carburant au fonds routier [16]. En votation, le Conseil national a accepté par 94 voix contre 83 et 7 abstentions le contre-projet de la CTT-CN et repoussé l'initiative Avanti. L'UDC, le PRD et le PL ont été les artisans de la victoire du contre-projet, au grand dam du PS et des Verts. Le PDC a tenté de proposer une solution médiane au doublement du Gothard: il demandait de ne pas inscrire le deuxième tunnel directement dans le contre-projet, mais de préciser qu'il fallait quand même en prévoir la planification. Cette proposition a été rejetée par 87 voix contre 37 et 59 abstentions (socialistes et écologistes). Sur le fonds routier, le National a décidé que le solde devra toujours rester positif et qu'aucun versement d'intérêts ne sera prévu en cas d'utilisation d'une partie des montants disponibles à d'autres fins [17].