En guise de remerciement à ses employés, qui ont fait des heures supplémentaires ou qui ont reporté leurs vacances pour Expo02, les CFF ont versé à la commission du personnel cinq millions de francs provenant d'une part du bénéfice réalisé durant la manifestation. Ils s'y étaient engagés si le résultat financier était bon. Chaque employé a reçu 150 francs en chèques Reka et 500 000 francs ont été versés à des oeuvres d'entraide [44].

Les 28 000 employés des CFF verront leurs salaires augmenter de 0,7%. Les syndicats réclamaient 3% à la base. Certains bénéficieront en plus de hausses individuelles qui représentent 1,6% de la masse salariale [45].

Les CFF ont plongé dans les chiffres rouges avec une perte de 12 millions de francs. Ils ont accru leur produit d’exploitation de 4,8% à 6,23 milliards en 2002, pour des charges en hausse de 5,9% à 6,13 milliards. Le résultat d’exploitation avant intérêts et impôts (EBIT) s’est effondré de 73% à 122 millions. Dans les détails, l’entreprise affichait des résultats contrastés. Dopés par Expo.02, le trafic voyageurs a généré un excédent de produits de 113,7 millions de francs. Les voyageurs-kilomètres ont progressé de 6,6% à 14.24 milliards de kilomètres. Le trafic marchandises a en revanche souffert de la morosité conjoncturelle, mais également de nombreuses interruptions internationales. La perte découlant des activités marchandises s’est accrue à 96,1 millions de francs. Le bénéfice de l’infrastructure a quant à lui reculé à 106,5 millions de francs. Les chiffres rouges s’expliquent par une provision de 183 millions de francs pour la caisse de pension des employés. A la fin 2002, l’institution de prévoyance n’accusait plus qu’un taux de couverture de 80,5%, faute de dotation suffisante en réserves pour fluctuations de change lors de sa création. En plus de la déprime boursière, les CFF présentent le désavantage d’une structure d’âge « défavorable » de ses membres. La moitié des quelque 59 000 assurés sont en effet des rentiers. En 2002, les CFF employaient 27 676 collaborateurs, en moyenne annuelle à plein temps [46].