Als Erstrat befasste sich der Ständerat mit der vom Bundesrat vorgeschlagenen Regierungsreform. Man war sich zwar über den Reformbedarf einig, mehrheitsfähig erschien in der Debatte aber nur eine moderate Stärkung der Funktion des Bundespräsidenten. Zur Organisation der Regierung kamen aus der SPK vier Variantenvorschläge: Die Mehrheit wünschte einen vom Parlament bestätigten Stellvertreter für jeden Bundesrat, welcher diesen im Parlament und dessen Kommissionen, im Bundesrat oder im Ausland vertreten könnte, und dem von seinem Chef auch politische Aufgaben in seinem Departement zugeteilt werden. Eine Minderheit der SPK bevorzugte die Aufstockung der Regierung auf neun Mitglieder, eine weitere Minderheit verteidigte das vom Bundesrat vorgeschlagene zweistufige Modell der „Delegierten Minister“ (Stellvertreter mit Einsitz in die Regierung, aber ohne Stimmrecht) und eine dritte Kommissionsminderheit setzte sich für ein reduziertes Stellvertretermodell ein, bei dem jeder Bundesrat einen seiner Kaderleute zu seinem nebenamtlichen Stellvertreter ernennt.

Nachdem Eintreten unbestritten war, unterlagen die Varianten „Delegierte Minister“ und „Stellvertreter mit Minimalfunktionen“ in Eventualabstimmungen. Im definitiven Entscheid setzte sich die Erhöhung der Zahl der Regierungsmitglieder auf neun mit 26 zu 8 Stimmen gegen das „Stellvertretermodell“ durch. Die Rolle des Bundespräsidenten wurde in dem Sinne gestärkt, dass seine bereits im Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetz festgehaltene Führungsrolle nun auch auf Verfassungsstufe formuliert wurde. Konkret hat der Bundespräsident insbesondere dafür zu sorgen, dass der Bundesrat Prioritäten setzt, seine Aufsichts- und Informationspflicht erfüllt und die Termine einhält. Als Neuerung beschloss der Ständerat eine Verlängerung der Amtszeit des Bundespräsidenten von einem auf zwei Jahre und seine Ausstattung mit einem kleinen Stab (Präsidialdienst). Die von der Kommissionsmehrheit vorgeschlagene Möglichkeit, einen Bundespräsidenten auch für eine zweite anschliessende Amtsperiode zu wählen, fand keine Mehrheit. Der Bundesrat selbst hatte sich aus Sorge um das Funktionieren des Kollegialitätsprinzips gegen jegliche Verlängerung der Amtsdauer ausgesprochen [14].