D’un montant de 407 millions de francs, l’un des plus bas de l’histoire, le programme d’armement 2003 prévoyait l’acquisition de deux systèmes destinés à la défense aérienne. D’une part, il s’agissait de réaliser la deuxième phase du complément d’équipement des F/A-18 (292 millions de francs), la première ayant été votée dans le cadre du programme d’armement 2001. Le programme comprenait notamment l’acquisition d’un viseur intégré au casque de pilote et d’un nouveau système de transmission de données. D’autre part, l’achat de nouveaux missiles infrarouges « Sidewinder », en remplacement d’un matériel désuet sur les plans opérationnel et technologique, était prévu (115 millions de francs). Le Conseil fédéral a rappelé que ces avions de combat allaient être utilisés encore deux décennies au moins et que cela nécessitait le maintien de la valeur de leur flotte par des investissements réguliers. De plus, la protection aérienne étant d’une importance fondamentale dans l’Armée XXI, ces systèmes permettraient de maintenir une défense aérienne crédible. Le gouvernement a précisé que le contexte financier l’avait obligé à opérer des choix, malgré des besoins budgétaires plus volumineux. Il a toutefois estimé qu’une hausse des dépenses militaires serait nécessaire dans les années à venir, principalement en raison des exigences technologiques croissantes liées à la mise en œuvre d’Armée XXI [29].

Le Conseil national a abordé le dossier en tant que premier conseil. Au nom du groupe socialiste et d’une minorité de la commission, le soleurois Boris Banga a proposé de ne pas entrer en matière, un programme d’armement n’ayant pas lieu d’être en ces temps de restrictions budgétaires. De plus, l’importation de matériel de guerre de pays en conflit, dans ce cas les Etats-Unis d’Amérique, posait problème. Il a également regretté la dépendance de la Suisse, à l’égard de ce même Etat, en matière d’armement. En outre, le choix d’une entreprise israélienne comme fournisseur, bien que représentée par une filiale américaine pour ces achats, serait en contradiction avec la volonté du Conseil fédéral d’interrompre le commerce d’armement avec Israël. L’ordre des priorités gouvernementales en matière de politique de sécurité a enfin été invoqué pour justifier la requête de non entrée en matière, la défense du territoire ne constituant pas une priorité absolue d’Armée XXI. Par la voix du neuchâtelois Fernand Cuche, les écologistes ont apporté leur soutien à la minorité appelant au rejet du programme d’armement. Les partis bourgeois ont soutenu le programme lors du vote. L’ensemble du projet a été accepté par 102 voix contre 49. La chambre haute, a également approuvé le projet, malgré l’opposition de la gauche [30].