Zur Erhöhung der Tabaksteuer und zum Demographie-Prozent bei der 11. AHV-Revision siehe unten, Teil I, 7b (Suchtmittel) resp. 7c (AHV).

Im Frühjahr bereinigte der Ständerat die letzten Differenzen im Steuerpaket 2001 betreffend die Stempelabgaben, indem er sich dem Beschluss des Nationalrates anschloss, die Umsätze börsenkotierter ausländischer Firmen von der Abgabe zu entlasten [26].

Im Dezember präsentierte der Bundesrat seine Botschaft über ein neues Zollgesetz. Die erstmalige Revision des schweizerischen Zollrechts von 1925 passt die schweizerischen Bestimmungen jenen der EU an: Die Veranlagungsverfahren werden europakompatibel ausgestaltet und die Rechte der Betroffenen ausgebaut. So können irrtümlich abgegebene oder falsch formulierte Zollanmeldungen leichter berichtigt oder zurückgezogen werden. Die sicherheitspolizeilichen Aufgaben im Grenzraum werden, wie im Vernehmlassungsverfahren gewünscht, zwischen dem Grenzwachtkorps des Bundes und den Polizeikorps der Kantone koordiniert [27].

Anfang Juni stimmte der EU-Ministerrat dem Staatsvertragsentwurf zwischen der Schweiz und der EU betreffend die Zinsbesteuerung zu. Das Abkommen basiert auf dem Grundsatz, dass die Schweiz zugunsten der EU-Staaten einen Steuerrückbehalt von bis zu 35% erhebt (zunächst 15%, dann 20% und ab 2011 35%) und zu drei Vierteln an die EU-Staaten zurückführt. Damit stellt die Schweiz einerseits sicher, dass die EU-Richtlinie über die Zinsbesteuerung nicht über die Schweiz umgangen werden kann, d.h. dass Zinserträge von EU-Bürgern in der Schweiz effizient besteuert werden. Andererseits bleiben die Schweizer Rechtsordnung und das Bankgeheimnis gewahrt. Zwischen der Schweiz und den Mitgliedstaaten der EU wird mit der Anwendung des Abkommens die Quellensteuer auf Zahlungen von Dividenden, Zinsen und Lizenzgebühren unter verbundenen Unternehmen abgeschafft und zwar unter Bedingungen, die grundsätzlich auch EU-intern gelten. Die Schweiz erklärte sich zum Vertragsabschluss bereit, sobald auch in den anderen Dossiers der Bilateralen II die noch bestehenden Probleme ausgeräumt sind [28].

Der Nationalrat gab einer parlamentarischen Initiative Robbiani (cvp, TI) Folge, welche die Rückerstattung des Steuerzuschlags für Treibstoff verlangt, der zum Abbau von Naturstein verwendet wird. Damit wird der Natursteinabbau im Mineralölsteuergesetz der Land- und der Forstwirtschaft sowie der Berufsfischerei gleichgestellt [29].

Basierend auf einer parlamentarischen Initiative der WAK-SR beschloss das Parlament, den Sondersteuersatz von 3,6% für die Hotellerie bis Ende 2006 zu verlängern [30].

Obschon Bundesrat Villiger vergeblich davor gewarnt hatte, dem Drängen von Lobbys nachzugeben, stimmte der Nationalrat einer Vorlage seiner WAK zu, welche die Verteilung von Forschungsgeldern auf im Rahmen eines Projektes beteiligte Partnerinnen und Partner im universitären und ausseruniversitären Bereich von der Mehrwertsteuer ausnehmen will. Der Ständerat trat nicht auf das Geschäft ein, weil er zwar mit dessen Stossrichtung, nicht aber dem Vorgehen einverstanden war; es sei möglich, die geforderten Anpassungen vorzunehmen, ohne das Gesetz zu ändern [31]. Gegen den Antrag des Bundesrates überwies er ein Postulat von Michèle Berger (fdp, NE), das einen reduzierten Mehrwertsteuersatz von 2,4% nicht nur für Bücher und Zeitschriften, sondern auch für elektronische Publikationen in Forschung und Bildung verlangt; dadurch könnten insbesondere die Bibliotheken entlastet werden [32].

Diskussionslos gab der Nationalrat einer parlamentarischen Initiative Triponez (fdp, BE) Folge, welche Berufsunfallverhütungsmassnahmen von der MWSt ausnehmen will. Auf Antrag des Bundesrates trat er auf eine Vorlage seiner WAK nicht ein, welche für nicht im Gemeingebrauch stehende Parkplätze, die während länger als drei Monaten vermietet werden, die Befreiung von der Mehrwertsteuer verlangt hatte. Chancenlos blieben auch zwei Vorstösse zur Mehrwertsteuerbefreiung von Forstrevieren und der gemeinnützigen Gesellschaft Emmaus Genf [33].

Mit Einverständnis des Bundesrates überwies die grosse Kammer schliesslich ein Postulat Raggenbass (cvp, TG), das eine Evaluation des Vollzugs des Mehrwertsteuergesetzes verlangt. Auf Zustimmung der Regierung stiess auch eine Interpellation desselben Parlamentariers, in der dieser vorschlug, ein Konsultativorgan aus Steuerexperten, Verwaltung, Wissenschaft, Wirtschaft und Praxis einzusetzen, das die systematische und konsistente Regelung bzw. Umsetzung der Mehrwertsteuer verfolgt und vorgängig zu allen geplanten Änderungen der MWSt Stellung nimmt [34].