Adoptant tacitement une motion de sa Commission des transports, le Conseil national a rejoint le Conseil des Etats en acceptant une réduction de la taxe sur les carburants à gaz, gaz liquide et biogaz d'au moins 40 centimes par litre. Le National a en revanche rejeté, par 96 voix contre 59, une motion des Etats qui demandait une réduction d'au moins 20 centimes par litre de la taxe sur le diesel. Cette baisse a suscité un vif débat entre ses partisans (PRD, PLS et UDC) et ses opposants (PDC, PS et Verts). Ces derniers ont admis que les moteurs diesel permettaient de réduire les émissions de CO2 d'environ 15% et consommaient moins que les véhicules à essence. Mais ces avantages ne compensaient pas les conséquences nocives du diesel: les poussières fines émises par les moteurs diesel ont des effets cancérigènes et sont très nocives pour les voies respiratoires et le système cardiaque de l'être humain. Les opposants ont aussi estimé que ce serait surtout les camions, dont 80% roulent au diesel, qui profiteraient le plus d'une baisse du prix. Cela risquait de remettre en cause la politique poursuivie par la Suisse de transférer les transports de la route au rail. Le dernier grief portait sur le danger d'un tourisme du diesel, induit par les automobilistes des pays voisins qui viendraient se fournir en Suisse à cause du prix moindre. Outre les avantages en consommation et en rejet CO2, les partisans du diesel ont avancé que des technologies étaient en train d'être développées pour combattre les nuisances. A ce propos, la Commission de l'environnement du Conseil national a milité en faveur de l'introduction obligatoire des nouveaux filtres pour véhicules diesel. Ils constituaient la deuxième génération de filtres à particules. Face à une augmentation des émissions nocives, les partisans du diesel citaient l'exemple de l'Allemagne et de l'Autriche, qui avec des parts de respectivement 40% et 16%, n'avaient pas constaté de poussée. Enfin, d'après eux, la baisse du prix du diesel était trop modérée pour remettre en cause le transfert de la route au rail et pour provoquer un effet de tourisme à la colonne [34].

Le Conseil national a apporté son soutien, par 114 voix contre 5, à la promotion de l'essence sans soufre. Il validait ainsi la loi et les taxes proposées par le Conseil fédéral. La modification de la loi sur la protection de l'environnement et l'ordonnance sur la taxe d'incitation sur l'essence et l'huile diesel d'une teneur en soufre supérieure à 0,001% entreront en vigueur au 1er janvier 2004. Une taxe de 3 centimes sera prélevée sur chaque litre. Dès l'été sous revue, les raffineries suisses ont été capables de fournir au marché suisse ces carburants sans soufre. Le Conseil des Etats a suivi le Conseil national en acceptant de soutenir la promotion de l'essence sans soufre. Lors de la votation finale, les chambres ont adopté la loi à l'unanimité [35].

Interpellé par la libéralisation du marché de l’électricité, le Conseil fédéral a jugé que la situation du marché du gaz naturel était moins pressante. En effet, la loi sur les installations de transport par conduites et l’accord de branche prévu par l’industrie gazière autorisent le libre choix du fournisseur – cette prérogative est toutefois réservée aux gros consommateurs qui sont en mesure d’accéder au réseau à haute pression. Le DETEC prévoyait que si cette solution de branche ne donnait pas satisfaction, un nouveau cadre légal devrait être envisagé dans ce secteur également [36].