En dépit des protestations de la gauche et des Verts, le Conseil des Etats s’est rangé derrière sa Commission des transports et le Conseil national en soutenant par 30 voix contre 6 le contre-projet à l’initiative Avanti et en rejetant l’initiative. Les propositions de Bieri (pdc, ZG) – freiner le percement du deuxième tube au Gothard – et de Inderkum (pdc, UR) – référendum portant uniquement sur un deuxième tube au Gothard – ont été écartées. Le texte des Etats était toutefois plus restrictif que celui du National. Les sénateurs ont renoncé à accorder la priorité à des voies à six pistes sur les tronçons d’autoroute Genève-Lausanne et Berne-Zurich, lui préférant l’achèvement du réseau des routes nationales. Ils ont en revanche accepté d’assouplir l’article sur la protection des Alpes pour inscrire dans la Constitution la construction d’un second tunnel au Gothard; la zone est cependant raccourcie à Amsteg-Airolo au lieu de Erstfeld-Airolo. Ce percement s’accompagne toutefois de la condition de prendre en compte le transfert du trafic des marchandises de la route sur le rail. A l’instar du Conseil national, les sénateurs ont soutenu les mesures ciblées du Conseil fédéral sur le trafic d’agglomération et la création d’un fonds autonome pour financer ces dépenses. Le Conseil des Etats a demandé au Conseil fédéral de présenter un programme un an après le scrutin, au cas où le projet obtiendrait l’aval du peuple et des cantons. Il concernerait l’achèvement de la construction du réseau routier, l’amélioration de la capacité du réseau des routes nationales et les contributions destinées aux infrastructures dans les agglomérations. Une des différences principales avec le droit en vigueur serait que c’est au parlement, et non plus à l’administration, qu’il reviendrait de fixer les priorités sur les travaux à mener et les moyens à y consacrer. Celui-ci définirait un programme tous les quatre ans [15]. Appelé à aplanir les divergences, le Conseil national s’est rallié pour l’essentiel à la version du Conseil des Etats. Il a ainsi renoncé à énumérer les tronçons qui devraient être élargis. Seule Amsteg-Airolo, la route du Gothard, demeurait citée dans le contre-projet. Très satisfaits par le contre-projet élaboré par le parlement, l’initiative Avanti a été retirée par ses auteurs [16].

Le DETEC a présenté les grandes lignes du programme qui serait soumis au parlement si le contre-projet à l’initiative Avanti est accepté. Il comprend trois volets. Le premier a trait à l’achèvement du réseau des routes nationales tel qu’il avait été décidé en 1960 par le parlement et complété ultérieurement. Il s'agit des tronçons de l’A16 Transjurane, A9 Haut-Valais, A8 Brünig, A5 Neuchâtel, A5 contournement de Bienne, A4 contournement Ouest de Zurich. Le deuxième volet concerne les aménagements du réseau des routes nationales. Le DETEC a établi un ordre des priorités provisoire. Il convient d’aménager en priorité trois tronçons de routes nationales situés en dehors des agglomérations, afin d’éliminer les goulets d’étranglement: A1/A2 Härkingen-Wiggertal, A1 Luterbach-Oesingen et A4 Andelfingen-Schaffhouse nord. Tous les autres tronçons situés en dehors des agglomérations, y compris le deuxième tube au Gothard, arrivent en 2ème et 3ème position. Les projets dans les agglomérations constituent le troisième volet. La situation dans les agglomérations n’est toutefois pas encore définie, tout particulièrement dans les grandes agglomérations caractérisées par les plus graves problèmes de trafic. La Confédération et les cantons élaboreront ensemble les projets d’agglomération réunissant le rail et la route, y compris le RER. Le programme du contre-projet serait financé par le biais d’un fonds d’infrastructure. Celui-ci serait alimenté par une partie du produit de l’impôt sur les huiles minérales et de la vignette autoroutière. Comme premier apport, il bénéficierait de la moitié des réserves du financement spécial pour la circulation routière (1,6 milliard de francs) [17].