Le Conseil fédéral a défini les objectifs stratégiques des CFF pour la période 2003-2006. La stratégie adoptée ayant fait ses preuves, elle a été maintenue dans ses grandes lignes. Les objectifs généraux exigent des CFF de renforcer la position des transports publics, de contribuer de manière déterminante à transférer le trafic de la route sur le rail et d’assurer une attribution non discriminatoire des sillons aux autres entreprises de transport. Dans le trafic marchandises, les CFF sont tenus d’augmenter le nombre des quantités transportées et d’améliorer la rentabilité du trafic international de marchandises. La stratégie en matière de trafic voyageur est d’assurer une augmentation des personnes transportées, une meilleure desserte des centres économiques européens et d’optimiser la fréquence des liaisons régionales. A cela s’ajoute encore l’élargissement de l’offre dans le domaine du trafic de loisirs. Sur le plan financier, le Conseil fédéral attend des CFF un bénéfice annuel qui lui permette de financer le matériel roulant, de garantir les investissements ordinaires et de couvrir les déficits annoncés dans le trafic marchandises. Sur ce point, l’équilibre budgétaire doit être atteint à compter de l’exercice 2005. Le gouvernement a attaché une grande importance aux objectifs en matière de personnel: les CFF doivent se montrer socialement responsables vis-à-vis de leurs employés, afin de préserver la confiance dans la direction de l’entreprise [55].

Afin de se sortir des chiffres rouges et de retrouver l’équilibre en 2005, les CFF ont été contraints d’élaborer un programme de restructuration. Le trafic des wagons complets grève les CFF d’un déficit annuel de 36 millions de francs. Deux variantes d’assainissement ont été évoquées. Les CFF ont opté pour la variante « optimisation ». Celle-ci préservera le réseau actuel de desserte marchandises. Sur 1950 personnes qu’emploie CFF Cargo pour le trafic des wagons complets, 353 emplois seront supprimés dans les trois ans et demi. La direction a indiqué que les suppressions se feront sans licenciements. Le nouveau concept de production élimine les pointes extrêmes du matin et du soir. Les 690 points de dessertes ont été maintenus. Comme ces mesures entraîneront des économies de 29,5 millions au lieu des 36 fixés, CFF Cargo a introduit d’autres mesures dans les domaines "chiffre d’affaires", "services généraux" et "productivité" d’un montant de 6,5 millions. Le nouveau concept a été introduit au changement d’horaire de mi-décembre. Sa réalisation, qui doit s’achever en 2006, implique des investissements oscillant entre 135 et 155 millions de francs. Parallèlement, CFF Cargo simplifiera l’administration dans les huit gares frontières. Les formalités administratives seront regroupées au Centre de service à la clientèle à Fribourg [56].

Les CFF et les Transports de Martigny et Région (TMR) ont créé une société commune pour l'exploitation du trafic ferroviaire régional en Valais. Elle couvre le trafic voyageur entre Saint-Gingolph et Brigue, et entre Martigny et Orsières. Baptisée RegionAlps, la nouvelle société est détenue à 70% par les CFF et à 30% par les TMR. Les CFF ont apporté neuf rames qui assurent le trafic régional entre Saint-Gingolph et Brigue et les TMR trois rames qui circulent entre Martigny et Orsières [57].

Devant le flot d’incivilités, de resquille et de violence dont ils étaient les victimes , les CFF ont décidé de réagir par plusieurs mesures. La première est un durcissement face à la resquille via une augmentation des surtaxes. Dès décembre 2004, les voyageurs pincés sans titre de transport valable ne pourront plus payer leur amende de manière anonyme. Ils seront fichés dans une banque de données et devront s’acquitter d’une amende plus salée. La protection des données sera garantie, car les informations enregistrées seront effacées tous les deux ans. Outre une amende plus salée, les récidivistes risquent encore une dénonciation pénale pour obtention frauduleuse d’une prestation, passible d’une peine de prison ou d’une amende. Tout en durcissant les sanctions contre la resquille, les CFF ont mis en place l’initiative dénommée « actions grands frères ». Celle-ci a vu des médiateurs sillonner les lignes régionales pour sensibiliser les jeunes. Les tronçons posant le plus de problèmes sont ceux de Suisse romande, comme Fribourg-Yverdon et Lausanne-Nyon. La deuxième mesure des CFF est une intensification accrue de la présence de la police ferroviaire, mais aussi des polices cantonales. D’ici 2005, deux fois plus de patrouilles assureront la sécurité dans les trains et les gares. La filiale des CFF Securitrans engagera d’ici là une centaine de nouveaux agents, portant leur nombre à 250. Le renforcement de la police ferroviaire permettra une stratégie d’intervention et de prévention plus flexible et mieux ciblée selon les besoins et les périodes de la journée. Dernière mesure, les caméras de surveillance dans les trains et les gares seront généralisées. Basé sur le bilan positif de l’essai pilote du printemps sur la ligne Lausanne-Genève (80% d’actes de vandalisme en moins), 225 véhicules ont été équipés. Le Conseil fédéral a donné ce droit aux CFF au moyen d’une ordonnance [58] qui entrera en vigueur le 1er janvier 2004. La vidéosurveillance sera clairement signalée, et les enregistrements devront être supprimés dans les 24 heures, pour autant qu’ils ne servent pas à la constitution de preuves [59]. Les parlementaires se sont également emparés du problème de la violence. Après avoir été acceptée par le Conseil fédéral, le Conseil national et le Conseil des Etats ont transmis une motion contre la violence dans les transports publics de Bernhard Hess (ds, BE). Celle-ci demandait que le Conseil fédéral soit chargé de réviser le Code pénal, afin que les agressions sur le personnel des transports publics soient poursuivies d'office [60].