La série noire d’accidents graves qu’a connu l’aviation civile suisse à l’étranger (Halifax-CAN en 1998 et Überlingen-D en 2002) et en Suisse (Nassenwil-ZH en 2000 et Basserdorf-ZH en 2001) a soulevé de nombreuses questions relatives à sa sécurité et à l’organisation de sa surveillance par l’Etat. C’est ce qui a amené le DETEC en 2002 à confier au laboratoire néerlandais NLR le mandat d’examiner ces questions et de formuler des recommandations concernant l'optimisation de ces tâches. Les résultats de l'étude ont conclu que le niveau de sécurité de l'aviation civile suisse était toujours élevé, mais avait baissé au cours des dernières années. Les structures étatiques suisses n'avaient pas été capables de s'adapter à l'évolution rapide du transport aérien. NLR conseillait à la Suisse de passer du contrôle sporadique à une gestion globale de la sécurité. Parmi les principales propositions, le laboratoire néerlandais encourageait les autorités suisses à dissocier la surveillance de la sécurité des autres activités de l'OFAC. Au niveau du DETEC, le département devait assigner des objets de sécurité à l'OFAC et en contrôler leur réalisation. De plus, la surveillance sur l'OFAC devait être renforcée dans le domaine de la sécurité et à cette fin un poste au sein du DETEC devait être créé [89].

En vue de concrétiser immédiatement les recommandations émises dans le rapport NLR, Moritz Leuenberger a approuvé un plan d'action. Le conseiller fédéral a nommé un délégué à la sécurité en la personne de Markus Mohler. Ce poste est directement rattaché au ministre. Les autres mesures visaient une réorganisation de l'OFAC et l'introduction d'un nouveau système de gestion de la sécurité. Les inspections effectuées par l'OFAC ont par conséquent été intensifiées auprès des entreprises de l'industrie aéronautique (compagnies aériennes, Skyguide, aéroports). De leur côté, Swiss et Skyguide ont été priées de renforcer leur conduite interne [90].

La première application des recommandations formulées par le NLR n'a pas tardé à faire du bruit. L'OFAC a constaté que les techniques d'approche de l'aéroport de Lugano-Agno n'étaient pas adaptées pour certains appareils. Le problème résidait dans l'angle d'approche aux instruments très important que les avions devaient adopter durant la courte phase précédant l'atterrissage. Afin de se conformer aux normes de sécurité internationales, l'OFAC a donc exigé une nouvelle procédure d'approche dès le 1er septembre – soit 9 jours plus tard. Ces mesures d'urgence ont été très mal accueillies au Tessin et le canton les jugeait disproportionnées. Devant le tollé tessinois, l'OFAC a accepté de prolonger le délai de consultation accordé à l'aéroport pour prendre position sur les nouvelles normes de sécurité pour les atterrissages [91]. Début octobre, l'OFAC a confirmé les mesures décidées en août, mais reportait leur introduction de deux ans afin de tenir compte des intérêts de l'économie tessinoise. Pendant la période transitoire, seuls les avions certifiés pour un angle d'approche de 6 degrés seront autorisés [92].

Déjà sur la sellette à cause du calendrier de mesures qu'il avait décrétées, Anders Auer, directeur de l'OFAC, a été remercié par Moritz Leuenberger [93]. Secoué par le rapport hollandais, l'OFAC a présenté, via son directeur ad intérim Max Friedli, le programme Topas (Top on aviation security). L'office sera divisé en deux domaines autonomes: sécurité et questions politiques. L'OFAC a aussi demandé à son personnel de réfléchir si certaines décisions prises ces dernières années en matière de sécurité aérienne leur paraissent douteuses et le cas échéant de les signaler [94].