Ne tenant pas compte de la pétition de l'association ASURE déposée en 2002 et en se basant sur le principe de précaution, le Conseil fédéral a modifié l'ordonnance sur les substances afin d'interdire l'utilisation des boues d'épuration comme engrais. Elles devront dorénavant être incinérées de manière respectueuse de l'environnement. Pour les surfaces maraîchères et fourragères, l'interdiction des boues d'épuration est entrée en vigueur le 1er mai 2003. Pour toutes les autres surfaces fertilisables, l'interdiction ne s'appliquera qu'à partir de 2006. Ce délai pourra en outre être prolongé par les cantons jusqu'à l'automne 2008 au plus tard. Les très petites stations d'épuration situées dans des régions reculées sont toutefois exclues de l'interdiction: les boues d'épuration qui en proviennent contiennent généralement moins de substances problématiques et l'exigence de transports vers de plus grandes stations d'épuration est jugée disproportionnée. En 2003, 60% des boues d'épuration ont été incinérées comme déchets [17].

Depuis le 1er janvier 2003, l'élimination des frigos et autres congélateurs a été rendue gratuite au niveau suisse. La vignette a été remplacée par une taxe anticipée à l'achat de l'appareil au sein de l'ordonnance fédérale sur la restitution, la reprise et l'élimination des appareils électriques et électroniques (OREA). Plusieurs cités de l'Union des villes suisses, ainsi que des organisations de consommateurs, s'étaient engagées pour la suppression de cette vignette de 75 francs [18].

La loi sur la protection des eaux stipule que seules peuvent être subventionnées les installations pour lesquelles un permis de construire a été délivré avant le 1er novembre 1999. Au Tessin, la construction de l’installation Thermoselect avait été autorisée en septembre 1999, mais le projet a été stoppé en l’an 2000. Le nouveau projet, qui prévoit la construction d’une usine d’incinération des ordures ménagères (UIOM), ne peut être subventionné selon la loi en vigueur. A la suite d’une intervention de Lombardi (pdc, TI), la CEATE-E a proposé, par le biais d’une initiative parlementaire, de modifier la loi sur la protection des eaux de manière à permettre le subventionnement du nouveau projet tessinois. De l’avis de la commission, le cas particulier du Tessin légitimait une telle démarche : en effet, le projet Thermoselect avait dû être abandonné pour des raisons de technologie qui échappaient à l’influence du canton. Le Conseil fédéral a approuvé le rapport de la CEATE-E. Des raisons tant écologiques qu’économiques justifient la construction d’une UIOM cantonale : il s’agit tout à la fois d’économiser les coûts des transports de déchets et d’éviter la pollution que ces transports provoquent. Jusqu'à présent, les déchets tessinois étaient éliminés en Suisse orientale. Le dossier a ensuite été transmis aux Chambres [19].

Le Conseil fédéral a approuvé la modification de l’ordonnance sur le montant de la taxe d’élimination anticipée (TEA) pour les piles et accumulateurs, avec effet au 1er janvier 2004. Depuis 2001, la TEA, fixée à 4 francs 80 par kilo, servait à financer les coûts du recyclage des piles. Vu les résultats de l’exercice 2002 et la baisse prévisible des coûts du recyclage, la taxe a pu être réduite d’un tiers à 3 francs 20 par kilo [20].

Le Conseil national avait donné suite en 1999 à l’initiative parlementaire de Baumberger (pdc, ZH) sur une répartition des frais causés par les investigations pour l’inscription dans le cadastre des sites pollués. En 2002, la CEATE-N avait présenté ses propositions pour une révision de la loi sur la protection de l’environnement. Parmi celles-ci, les cantons pourraient désormais commander d’eux-mêmes l’investigation, la surveillance et l’assainissement d’un site pollué. Les dispositions applicables à la répartition des coûts d’assainissement de sites pollués seraient étendues aux coûts d’investigation et de surveillance. La collectivité publique devrait assumer les frais de défaillance si aucun responsable ne pouvait être désigné. En 2003, le Conseil fédéral a déclaré qu’il était en partie d’accord avec ces dispositions [21].

L'expert mandaté par l'OFEFP a donné un avis de droit sur la question de la prise en charge de l'assainissement de l'ancienne décharge industrielle de Bonfol (JU). La polémique avait trait à la nouvelle législation sur l'aménagement des sites. Celle-ci indiquait que le financement devait être assuré par ceux qui ont produit les déchets, ceux qui les ont entreposés, le propriétaire du site et les autorités qui ont délivré les autorisations. L'avis de droit concluait que le détenteur du site a une responsabilité, mais que celle-ci est généralement faible. L'expert ne répondait toutefois pas à la question de savoir si la commune de Bonfol devait ou non participer [22]. Les huit entreprises chimiques bâloises (BCI-Betrieb), qui ont déposé 114 000 tonnes de déchets hautement toxiques à Bonfol entre 1961 et 1976, ont remis à l'Office des eaux et de la protection de la nature (OEPN) du canton du Jura leur projet d'assainissement de la décharge. Celui-ci prévoit, dans un premier temps, la construction d'une halle de 160 mètres sur 100 et 35 mètres haut. Elle couvrira la moitié du site. L'édifice servira à protéger les déchets de la pluie, à retenir les odeurs et retraiter l'air si les études l'estiment nécessaire. Une fois ce sas réalisé, des pelleteuses excaveront les déchets par secteurs de 625 m2. Ils seront conditionnés, hermétiquement emballés et transportés par rail vers des fours industriels idoines en Europe, car la capacité des installations d'incinération est insuffisante en Suisse. Le début des travaux est agendé en 2008 et durera quatre ans, la remise en état des lieux est prévue pour 2013. Sur la question du paiement de la facture, le BCI a proposé une table ronde, menée par un négociateur. Selon sa lecture de l'ordonnance, il estimait qu'il devait y avoir cofinancement des frais. Ceux-ci sont évalués à 280 millions de francs. L'OEPN a lancé une procédure de consultation. La commune de Bonfol, la Confédération, la Commission d'information de la décharge industrielle de Bonfol, les autorités françaises et les communes voisines pourront donner leur avis jusqu'à fin mars 2004 [23].