Eine Motion Berger (fdp, NE) zur Restrukturierung der Hochschulen wurde vom Ständerat als Postulat überwiesen. Diese verlangt, dass die Höhe der Projektbeiträge an Hochschulen so angesetzt wird, dass diese auch wirklich einen Anreiz für die Lancierung wichtiger Kooperationsprojekte von Universitäten, FHS und ETH darstellen [44]. Im weiteren überwies der Nationalrat ein Postulat seiner WBK und forderte damit den Bundesrat auf, im Rahmen der Erarbeitung des Hochschulrahmengesetzes, das für die Zeit nach Auslaufen des Universitätsförderungsgesetzes Ende 2007 in Aussicht gestellt worden war, das Instrument der projektgebundenen Beiträge für alle Hochschulen einzuführen. Damit soll eine einheitliche Umsetzung von Kooperationsprojekten unter Hochschulen ermöglicht werden [45].

Eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Staatssekretär Charles Kleiber hatte sich die Optimierung der Universitätsmedizin im Rahmen eines Gesamtsystems zum Ziel gesetzt. Im Vordergrund standen dabei die künftige Sicherstellung von Qualität und Finanzierbarkeit der humanmedizinischen Fakultäten und Universitätsspitäler. Die Arbeitsgruppe stellte zu diesem Zwecke die Zusammenführung der fünf medizinischen Fakultäten in drei Einheiten (Zürich, Bern-Basel, Lausanne-Genf), ein gemeinsames Finanzierungssystem sowie einheitliche Abgeltungsregelungen und gesamtschweizerische Steuerungsorgane zur Debatte [46]. Eine Motion Gysin (sp, BS), welche die Erhaltung der bestehenden medizinischen Fakultäten von Basel, Bern, Zürich, Lausanne und Genf in einer aufeinander abgestimmten Form als „Medizinische Hochschule Schweiz“ sichern wollte, wurde vom Nationalrat abgelehnt. Wohl würde der Vorstoss richtige Fragen aufwerfen, meinte – ganz im Sinne des Bundesrats – Felix Gutzwiller (fdp, ZH) als Nationalrat und Mitglied einer der betroffenen medizinischen Fakultäten; doch liefen die Forderungen der Motion nach der Superstruktur „Medizinische Hochschule Schweiz“ den bereits laufenden Restrukturierungs- und Kooperationsprozessen zuwider [47]. Definitiv besiegelt wurde der Zusammenschluss der veterinärmedizinischen Fakultäten der Universitäten Bern und Zürich unter dem Namen Vetsuisse. [48].

Der Transfer der Wirtschaftswissenschaften von der Universität Neuenburg nach Lausanne wurde Mitte Jahr vom Rat der Universität Neuenburg klar abgelehnt, womit die Kooperationsverhandlungen mit dem Kanton Waadt verkompliziert wurden. Im Frühjahr hatten die Regierungen beider Kantone eine Absichtserklärung unterzeichnet, wonach die wirtschaftswissenschaftlichen Fakultäten in der Handelshochschule (Hautes Etudes Commerciales, HEC) der Universität Lausanne zusammengefasst werden sollte. Vom Transfer wären rund 300 Studierende und 11 Professoren betroffen gewesen. Zu dem entsprechenden auf Herbst angekündigten Entscheid des Neuenburger Parlaments kam es dann jedoch nicht. Die Regierung begrub ihre Transfer-Pläne, nachdem das Vorhaben nicht nur beim Universitätsrat, sondern auch in Kreisen der Politik und Wirtschaft auf Ablehnung gestossen war [49].

Im Frühjahr konnte die ETH-Lausanne als wissenschaftlich-technischer Pol in der Schweiz und als dynamisierendes Element im „Arc lémanique“ ihr 150-jähriges Bestehen feiern [50]. Das sogenannte „projet triangulaire“ im Arc lémanique hatte anfangs des Berichtsjahres mit dem Entscheid des ETH-Rates, jährlich 45 Mio Fr. für den Transfer der Chemie, der Physik und der Mathematik an die ETH-Lausanne einzuschiessen, Stärkung erfahren [51].