Mitte des Berichtsjahres schlugen die interkantonale Stipendien-Konferenz sowie die EDK Alarm und prophezeiten bei den Stipendien den grössten Einbruch aller Zeiten. Die Befürchtungen gründeten einerseits im von beiden Parlamentskammern beschlossenen Neuen Finanzausgleich (NFA) (siehe oben, Teil I, 5, Finanzausgleich), gemäss welchem der Bund seine Ausbildungszuschüsse auf ein Minimum herunterfahren sollte – andererseits in den im Entlastungsprogramm 2003 (EP) (siehe oben, Teil I, 5, Sanierungsmassnahmen sowie unten, Forschung) vom Bundesrat angekündigten massiven Kürzungen bei den Ausbildungshilfen. Grosse Skepsis herrschte, ob vom NFA auch wirklich eine Kompensation der gekürzten Bundesbeiträge durch höhere Kantonsbeiträge zu erhoffen war [53].

Als dann der Präsident des ETH-Rates, Francis Waldvogel, im Herbst auch noch den Vorschlag machte, die Studiengebühren seien zu verdreifachen, brach die Angst vor so genannt amerikanischen Verhältnissen an den Universitäten bzw. vor einer völligen Abschaffung der Chancengleichheit im Bildungsbereich aus. Die Schweizerische Rektorenkonferenz (Crus) verschloss sich zwar einer stärkeren finanziellen Beteiligung der Studierenden nicht völlig, blieb jedoch skeptisch, wie Waldvogels Vorschlag ohne grundsätzliches Überdenken des gesamten Finanzierungssystems umgesetzt werden könnte. Da Nichthochschulkantone an die Universitätskantone eine Kopfpauschale pro Studierenden bezahlten, müsste eine Erhöhung der Studiengebühren auch eine Umverteilung dieser Gelder in Form von Stipendien oder Darlehen zur Folge haben. Den zweiten Vorschlag des ETH-Präsidenten, die Privatwirtschaft bei der Finanzierung der Universitäten stärker in die Pflicht zu nehmen, hielt die Crus für nicht minder problematisch und warnte vor einer einseitigen Begünstigung angewandter, für die Wirtschaft nützlicher Forschung [54]. Alexander Zehnder, der im Herbst des Berichtsjahres vom Bundesrat zum Nachfolger Waldvogels gewählt wurde und im Sommer 2004 das Präsidium des ETH-Rates übernehmen wird, hielt die Frage nach einer Erhöhung der Studiengebühren für fehl am Platz, solange die Schweiz am Grundsatz festhalte, dass Ausbildung ein öffentliches Gut sei und über Steuern finanziert werde [55].