Als Zweitrat befasste sich der Nationalrat mit der Staatsleitungsreform. Die Kommission beantragte, das Geschäft an den Bundesrat zurückzuweisen und ihn aufzufordern, neue Modelle zur politischen Stärkung und administrativen Entlastung der Regierung vorzulegen. Einer der Gründe für diesen Antrag war, dass man dem Bundesrat Gelegenheit geben wollte, ausführlich zu dem von der Kommission skeptisch beurteilten Ständeratsbeschluss einer Erhöhung der Zahl der Bundesräte von sieben auf neun Stellung zu nehmen. Ausserdem wollte man vom Bundesrat erfahren, ob er in seiner seit dem 10. Dezember 2003 veränderten Zusammensetzung immer noch zu seinem Modell der „Delegierten Minister“ stehe, und ob er daran eventuell Retouchen anbringen möchte. Nachdem Bundesrat Blocher erklärt hatte, dass auch im Gesamtbundesrat keine grosse Begeisterung für das ursprüngliche Reformprojekt herrsche und er diesen Rückweisungsbeschluss unterstütze, wurde er vom Nationalrat mit 140:23 Stimmen gutgeheissen. Der Ständerat schloss sich dieser Rückweisung an. Eine Minderheit seiner SPK hatte vergeblich dafür plädiert, das Geschäft noch einmal zu behandeln, dabei auf der früher beschlossenen Erhöhung der Zahl der Bundesräte zu beharren und es an den Nationalrat zurückzugeben. Da dieser klar gemacht habe, dass er zusätzliche Bundesräte ablehne, könnte er es dann – ohne den Umweg über einen neuen Bericht des Bundesrates – ordentlich begraben [5].