In Ausführung einer vom Nationalrat 2003 – nach dem Sonderkredit für die Rettung der Luftfahrtgesellschaft Swissair – angenommenen parlamentarischen Initiative der SVP legte die SPK-NR ihre Vorschläge für die Neuregelung der Bewilligung von ausserordentlichen und dringlichen Ausgabenbeschlüssen des Bundesrats vor. Gemäss ihrem Antrag sollen Beträge bis 250 Mio Fr. (die SVP hatte in ihrer Initiative einen Grenzwert von 100 Mio Fr. vorgesehen) von der Finanzdelegation zu bewilligen sein, für höhere Summen wäre die Zustimmung des Parlaments – wenn nötig in einer ausserordentlichen Session – erforderlich. Der Bundesrat sprach sich gegen diese Vorschläge aus, da sie ihn zu sehr in seiner Handlungsfähigkeit beschränken würden. Trotzdem stimmte der Nationalrat dieser Neuerung zu. Umstritten war einzig, ob eine absolute Zahl (250 Mio Fr.) oder wie von Bühlmann (gp, LU) verlangt, ein Anteilswert (0,5% des Budgets) als Limite gelten solle. Erstere Lösung setzte sich knapp durch. Insgesamt wurde die neue Regelung sehr deutlich angenommen. Ebenso klar sprach sich in der Folge der Ständerat dagegen aus. Es wurde dabei argumentiert, dass sich die bisherige Regelung bewährt habe und die vorgeschlagene Prozedur bei dringlichen Ausgaben von über 250 Mio Fr. schlecht praktikabel sei, da es ja nicht bloss um die Einberufung einer dringlichen Sondersession gehe, sondern der Entscheid auch in kürzester Frist in den Kommissionen und Fraktionen vorbereitet werden müsste [20].

Die Luftfahrtpolitik gab dem Parlament einen zusätzlichen Anlass, die geltende Kompetenzverteilung zwischen Regierung und Parlament unter die Lupe zu nehmen. Auslöser war der Staatsvertrag zwischen Deutschland und der Schweiz über die Beschränkung der Nordanflüge auf den Flughafen Zürich-Kloten. Der Bundesrat hatte diesen 2002 vorläufig in Kraft gesetzt, er war dann aber 2003 vom Parlament nicht genehmigt worden [21]. Die vorläufige Inkraftsetzung eines noch nicht genehmigten Vertrags durch den Bundesrat entsprach zwar der bisherigen Interpretation der Verfassung, welche der Regierung zur Wahrung wichtiger Landesinteressen dieses Recht zuspricht. Sie wurde aber vom Parlament als unbefriedigend empfunden, da sie dieses in eine Zwangslage bringe, den Vertrag entweder gegen seinen Willen zu genehmigen, oder aber das bereits angewendete Recht wieder aufzuheben und damit die Rechtssicherheit und das aussenpolitische Ansehen der Schweiz zu beeinträchtigen. Der Ständerat hatte 2003 einer parlamentarischen Initiative Spoerry (fdp, ZH) Folge gegeben, welche eine Neuregelung bei der vorläufigen Inkraftsetzung verlangt. In Ausführung dieser Initiative legte seine Staatspolitische Kommission Ende 2003 ihre Vorschläge vor. Sie beantragte, dass in Fällen einer dringlichen Inkraftsetzung der Bundesrat die zuständigen parlamentarischen Kommissionen konsultieren muss. Zudem soll ein vom Bundesrat vorläufig in Kraft gesetzter Vertrag aufgehoben werden, wenn er nicht innert höchstens sechs Monaten dem Parlament zur Genehmigung vorgelegt wird. Eine von Abgeordneten der FDP und der SVP gebildete Minderheit wollte noch weiter gehen und dem Bundesrat die vorläufige Inkraftsetzung untersagen, wenn sich die aussenpolitischen Kommissionen der beiden Räte gegen den Vertrag aussprechen. Der Bundesrat lehnte beide Vorschläge ab: denjenigen der Kommissionsminderheit, weil er die Handlungsfähigkeit der Regierung zu sehr beschneiden würde; denjenigen der Mehrheit, weil er nicht nötig sei, da bereits mit dem geltenden Parlamentsgesetz die zuständigen parlamentarischen Kommissionen eine Konsultation verlangen dürfen. Der Ständerat folgte seiner Kommissionsmehrheit und der Nationalrat stimmte ebenfalls zu. Ein Nichteintretensantrag von SVP-Seite, mit der Absicht, dann einen Vorstoss für ein Verbot einer vorzeitigen Inkraftsetzung einzureichen, scheiterte in der grossen Kammer deutlich [22].

Im Fall des „Operative Working Arrangement“ aus dem Jahre 2002 zwischen den USA und der Schweiz über die Zusammenarbeit der Strafverfolgungsbehörden beider Länder bei der Terrorismusbekämpfung verabschiedete der Nationalrat eine Motion seiner Aussenpolitischen Kommission, die vom Bundesrat verlangt, dieses Abkommen nachträglich dem Parlament zur Genehmigung zu unterbreiten. Dieses gehe weit über technisch-administrative Regelungen von geringer Tragweite hinaus, über welche der Bundesrat in eigener Kompetenz entscheiden dürfe, und sei zudem politisch umstritten, weshalb eine Debatte und ein Entscheid des Parlaments erforderlich seien. Der Ständerat teilte diese Meinung nicht – die gewünschte Information und Debatte habe bereits in den Aussenpolitischen Kommissionen stattgefunden – und lehnte die Motion ab [23].

Bei der Untersuchung von politischen Affären in der Bundesverwaltung (z.B. Fall Bellasi, Kontakte zum früheren Regime in Südafrika) durch Delegationen der GPK hatte sich gezeigt, dass parallel dazu laufende administrativ- und personalrechtliche Untersuchungen zu Doppelspurigkeiten, Behinderungen und auch zu Fehlern in der Informationspolitik gegenüber der Öffentlichkeit führen können. Die GPK-SR schlug deshalb mit einer parlamentarischen Initiative vor, in solchen Fällen den Arbeiten der Kommissionsdelegationen Priorität einzuräumen und ihnen das Recht zu erteilen, die administrativ- und personalrechtlichen Untersuchungen wenn nötig zu unterbrechen. Dies würde auch den bereits geltenden Regelungen für parlamentarische Untersuchungskommissionen (PUK) entsprechen. Der Bundesrat hatte keine grundsätzlichen Einwände gegen diese Vorschläge und das Parlament hiess sie gut [24].