Finanzdirektor Ueli Vischer (lp) trat nicht mehr zur Wiederwahl an. Die Bürgerlichen präsentierten ein Viererticket mit ihren Regierungsräten Christoph Eymann (lp), Carlo Conti (cvp), Jörg Schild (fdp) und dem Generalsekretär der Finanz- und Kirchendirektion Basel-Land, Mike Bammatter (fdp). Auf der rot-grünen Viererliste kandidierten die Regierungsräte der SP, Ralph Lewin und Barbara Schneider, sowie die SP-Fraktionschefin im Basler Grossen Rat, Eva Herzog, und der ehemalige Grossrat Guy Morin (gp). Justizdirektor Hans Martin Tschudi von der Demokratisch-Sozialen Partei (dsp) trat im Alleingang an. Des weiteren kandidierten neben der SVP-Kantonalpräsidentin Angelika Zanolari ein Vertreter der SD und vier Personen auf einer Liste „gegen Armut und Ausgrenzung“.

Im ersten Wahlgang von Ende Oktober wurden fünf Regierungsmitglieder bestätigt: Erziehungsdirektor Christoph Eymann (lp) erzielte das beste Resultat, gefolgt von Polizei- und Militärdirektor Jörg Schild (fdp), Wirtschaftsdirektor Ralph Lewin (sp), Sanitätsdirektor Carlo Conti (cvp) und Baudirektorin Barbara Schneider (sp). Die übrigen Kandidaten verfehlten das absolute Mehr: Eva Herzog (sp) und Guy Morin (gp) schnitten am besten ab; Regierungsrat Hans Martin Tschudi (dsp) landete auf dem achten, Mike Bammatter (fdp) auf dem neunten und Angelika Zanolari (svp) auf dem zehnten Platz; sie erzielte weniger als die Hälfte der Stimmen von Bammatter. Für seine Partei überraschend liess Tschudi (dsp) den Termin für die Anmeldung zum zweiten Wahlgang ungenutzt verstreichen. Damit endete die Beteiligung der Demokratisch-Sozialen Partei an der Basler Regierung nach 22 Jahren; die Partei war entstanden, als sich der damalige SP-Polizeidirektor Karl Schnyder mit seiner Partei überwarf. Für den zweiten Wahlgang traten nur noch Eva Herzog (sp), Guy Morin (gp) und Mike Bammatter (fdp) an – bereits vor dem Entscheid von Angelika Zanolari (svp), nicht für den zweiten Wahlgang zu kandidieren, hatten die anderen bürgerlichen Parteien ein Zusammengehen mit der SVP ausgeschlossen. Ende November wählten Baslerinnen und Basler die beiden Kandidaten der Linken in den Regierungsrat. Damit erhielt Basel nach 1935 und 1950 wieder eine rot-grüne Mehrheit [10].